Во время правления сына Михаила Федоровича, царя Алексея Михайловича начались более активные действия по созданию отечественного военного флота. Алексей Михайлович попытался вернуть утраченные в период Смуты земли и выход в Балтийское море, для чего предпринял войну против Швеции, но в силу слабости армии и отсутствия флота, Россия вновь потерпела поражение от этого сильного северного соседа. Тем не менее, Алексей Михайлович понимал всю необходимость создания военного флота. При нем был построен первый русский боевой корабль — фрегат «Орел» и еще несколько речных боевых судов. Их использовали в пределах волжского бассейна для борьбы с речными разбойниками и подавления движения Степана Разина, который тоже применял свои вооруженные речные суда на Волге. После завершения крестьянской войны царские военные суда также охраняли купеческие суда, ходившие по Волге от речных разбойников, которые промышляли во все времена. Но ни при Алексее Михайловиче, ни при его детях — Федоре и Софье, после смерти Алексея Михайловича правивших Россией, несмотря на их войны с Турцией и Крымскими походами, регулярный военно-морской флот так и не был создан.
Надо заметить, что в период правления царя Федора и затем царевны Софьи, было приостановлено развитие флота, начавшееся при их отце, так как они для себя считали главным наращивать только армейские силы. В частности Софья особую ставку сделала на стрелецкое войско, попытавшись в 1689 году использовать его против своего брата Петра, организовав стрелецкое восстание. За это Софья была свергнута Петром, а стрельцы сначала были лишены своего привилегированного положения, а через восемь лет после их очередного восстания и вовсе были упразднены как род войск.
Регулярный Военно-Морской Флот России получил свое рождение, настоящее боевое крещение и развитие при Петре I. Годом его основания стал 1696 год, когда была взята турецкая крепость Азов, расположенная в устье Дона на берегу Азовского моря. Это произошло 28 июля 1696 года. Дату 28 июля 1696 года можно считать не только рождением российского регулярного Военно-Морского Флота, но и днем создания первой российской речной военной флотилии, так как тогда мощная турецкая крепость Азов была взята с помощью специально построенных боевых речных судов.
Целью Азовских походов русского царя Петра I была необходимость получить выход к Азовскому и через него к Черному морю, получив, таким образом, возможность торговли с южными странами для развития экономики России. Создание военно-морского флота и речных военных флотилий произошло, после того как Петр I, в ходе первого Азовского похода летом 1695 года попытался штурмом взять крепость Азов и понял, что одними сухопутными силами ее взять невозможно. Эта неудача привела к принятию им решения строить суда, позволявшие вести боевые действия на речных и морских театрах военных действий, что и было предпринято на воронежских верфях.