Первоначально гарнизон состоял из двух тысяч человек, включая юнкеров и слушателей школы прапорщиков, три эскадрона казаков, роты добровольцев и одной роты женского батальона. Защитники гарнизона имели шесть орудий и один бронеавтомобиль, экипаж которого, однако, заявил, что его прислали для защиты произведений искусства во дворце и он во всем будет придерживаться нейтралитета.
Из-за постоянного дезертирства гарнизон таял, так как продовольствия не было, и в течение двух дней солдаты практически голодали. К тому же не нашлось сильного командира, который взял бы на себя командование всеми и укрепил бы дисциплину. Ни у кого не было ни малейшего желания воевать. Некоторые из прапорщиков даже позаимствовали у женщин серые солдатские шинели, чтобы иметь возможность незаметно скрыться.
Большая часть юнкеров Михайловского артиллерийского училища вернулись к себе и забрали с собой четыре из шести орудий. Потом ушли казаки, объявив, что они против кровопролития! В десять часов вечера дворец покинула и большая часть прапорщиков. После этого оборонять правительство остались небольшое количество прапорщиков Инженерного училища и рота женщин.
Правительство все это время поддерживало связь с фронтом, в полночь министрам сообщили, что войска уже в пути и вот-вот придут на помощь. Затем поступила информация, что во дворец направляются члены Флотского комитета с условиями переговоров.
Во время бомбардировки министры бросались из комнаты в комнату. Рогозин позже рассказывал, что когда ему понадобилось о чем-то доложить правительству и он попал во дворец, то увидел «морского министра сидящим около окна, курящим трубку и сплевывающим. Остальные министры сидели за столом. Терещенко ходил взад-вперед, как тигр в клетке. Коновалов сидел на диване и нервно дергал себя за штанины, пока не подтянул их почти до колен». Но ведь Рогозин был здесь всего лишь посторонним наблюдателем, ни о чем не беспокоившимся и ни за что не отвечавшим. На самом деле положение этой группы людей должно было быть ужасным. Брошенные своим вождем, отрезанные от внешнего мира, начиная с шести часов вечера 7-го числа, отказавшиеся оставить свой пост, несмотря на то что были не в силах на что-то повлиять, они ждали решения своей судьбы после того, как попадут в руки толпы.
Оборона практически не была организована, охранялись только три из многочисленных входов в здание. Группы атакующих проникали туда через боковые двери и искали, чем бы поживиться. Сначала эти группы были малочисленными, и гарнизону удавалось рассеивать их, но потом матросы, солдаты Павловского полка и рабочие стали собираться в большие банды и просто разоружили гарнизон. Но это было сделано, как впоследствии вспоминал один из офицеров гарнизона, «по-домашнему», практически без кровопролития. Гарнизон почти не стрелял, и, как говорят, его потери составили всего трое юнкеров ранеными.