Именно так обстояло дело, когда 17 июня 1941 года Фитин в присутствии наркома госбезопасности Меркулова докладывал Сталину агентурные данные о готовящемся 22 июня нападении Германии на Советский Союз.
«Сталин продолжал расхаживать по кабинету, изредка попыхивал трубкой, – пишет Фитин. – Наконец, остановившись перед нами, он спросил:
– Что за человек, сообщивший эти сведения?
Мы были готовы к ответу на этот вопрос, и я дал подробную характеристику нашему источнику…
Наступила длительная пауза. Сталин, подойдя к своему рабочему столу и повернувшись к нам, произнес:
– Дезинформация! Можете быть свободны».
Все дело в том, что Сталин получал информацию по многим каналам, в том числе и по линии личной разведки. В данном случае он скорее всего выразил недоверие источникам – но не самим разведчикам. Тем более что, как пишет Судоплатов, «в тот же день, когда Фитин вернулся из Кремля, Берия, вызвав меня к себе, отдал приказ об организации Особой группы из числа сотрудников разведки в его непосредственном подчинении. Она должна была осуществлять разведывательно-диверсионные акции в случае войны».
18 января 1942 года решением ЦК ВКП(б) на базе Особой группы было создано 4-е (разведывательно-диверсионное) Управление НКВД, которое было выделено из состава 1-го Управления НКВД. Возглавил 4-е Управление старший майор госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов. Оставшийся штат внешней разведки под руководством старшего майора госбезопасности Павла Михайловича Фитина был сориентирован на освещение политики США и Англии и ведение научно-технической разведки.
Как пишет в своих воспоминаниях сам Павел Михайлович, «большой заслугой внешней разведки в этот период, особенно резидентур Первого управления в США, Канаде, Англии, явилось получение научно-технической информации в области атомной энергии, которая в значительной мере помогла ускорить решение вопроса по созданию атомной бомбы в Советском Союзе. Мне часто приходилось встречаться с Игорем Васильевичем Курчатовым, который выражал большую признательность за получаемые от нашей разведки материалы по вопросам атомной энергии».
Через 14 дней после атомной бомбардировки Хиросимы распоряжением Государственного Комитета Обороны № 9887сс/оп от 20 августа 1945 года был образован Специальный комитет при СМ СССР, которому предписывалось создать ядерное оружие в сжатые сроки. Спецкомитет был наделен чрезвычайными полномочиями по привлечению любых ресурсов, имевшихся в распоряжении правительства СССР, и подчинялся напрямую Сталину. Председателем Спецкомитета был назначен Берия, в задачи которого входили «контрразведка и информационная разведка». Уходя из НКВД для решения поставленных перед ним задач, Берия забирает с собой и Фитина, который покидает свой пост 15 июня 1946 года и с этого момента переориентируется на контрразведку – именно она теперь является приоритетом, поскольку основные задачи в рамках Атомного проекта разведка уже выполнила.