В 1951 году Фитин назначается министром госбезопасности Казахской ССР – именно там, на полигоне в Семипалатинске, происходят испытания советского ядерного оружия. В своих воспоминаниях он пишет: «В послевоенные годы мне на протяжении почти пяти лет пришлось заниматься вопросами, связанными со специальным производством и пуском урановых заводов, и в этой связи вновь неоднократно встречаться с Игорем Васильевичем, талантливым ученым и замечательным человеком. В беседах он вновь подчеркивал, какую неоценимую услугу в решении атомной проблемы в СССР сыграли материалы, добытые советской разведкой».
26 июня 1953 года Лаврентий Павлович Берия был убит в ходе военного переворота, совершенного Хрущёвым с группой заговорщиков из числа высшего армейского командования, и уже 29 ноября 1953 года генерал-лейтенант Павел Михайлович Фитин был уволен из органов «по служебному несоответствию» – без пенсии, так как не имел необходимой выслуги лет… А созданное благодаря Сталину, Берии и Фитину ядерное оружие захватила группировка троцкиста Хрущёва, в которую входили преимущественно выходцы с Украины. Они сразу же реабилитировали троцкистов и предателей, установили диктатуру партократов и взяли курс на решение всех проблем в мире с помощью размахивания ядерной дубинкой.
В последние годы жизни Павел Михайлович Фитин работал директором фотокомбината Союза советских обществ дружбы и культурных связей с зарубежными странами. 24 декабря 1971 года он умер в Москве на операционном столе. Ему было 63 года. По мнению родственников Павла Михайловича, показаний для операции по поводу прободной язвы не было…
В октябре 2015 года по инициативе советника губернатора Курганской области генерал-майора Владимира Викторовича Усманова на родине Павла Михайловича Фитина, в сибирском селе Ожогино Курганской области, прошел сход жителей, на котором было решено выступить с ходатайством перед правительством России о присвоении Павлу Михайловичу Фитину звания Героя России (посмертно). Ведь мирное небо над нашей страной сохраняется благодаря ядерному щиту, в создание которого Павел Михайлович внес немалый вклад.
После того как Фитин покинул пост начальника внешней разведки, 9 сентября 1946 года эту должность занял Пётр Васильевич Федотов – профессиональный контрразведчик. В 1938 году в ходе кадровой реформы Берия выдвинул Федотова одновременно с Фитиным, назначив 1 ноября 1938 года заместителем начальника 2-го (секретно-политического) отдела ГУГБ НКВД СССР. 4 сентября 1939 года Федотов становится начальником 2-го отдела, а 29 сентября 1940 года одновременно и начальником 3-го (контрразведывательного) отдела ГУГБ НКВД СССР. 3 февраля 1941 года НКВД был разделен на два наркомата: НКГБ СССР, в ведение которого передавались подразделения, непосредственно занятые вопросами госбезопасности (разведка, контрразведка, охрана правительства и т. д.), и НКВД СССР, в ведении которого оставались внутренние, пограничные и конвойные войска, милиция, пожарная охрана и т. д. 26 февраля 1941 года Федотов становится начальником 2-го Управления НКГБ СССР – всей контрразведки страны.