Ценой немалых усилий большевистской партии удалось расширить представительство коммунистов среди сотрудников ВЧК. В начале 1921 г. количество членов большевистской партии, служивших в губчека, особых отделах и РТЧК, составляло 53,6 %, комсомольцев было 2,6 %. Но беспартийными оставались 43,8 % чекистов.
С образовательным уровнем сотрудников ЧК дело обстояло хуже. 69,1 % чекистов имели лишь начальное образование, 19,1 % — среднее,, 8,4 % — домашнее. 1,6 % были неграмотными. Высшее образование получили до революции только1,3 % сотрудников.
Национальный состав чекистов был довольно пестрым. В 1921 г. в чекистских органах работало 77,3 % русских, 9,1 % евреев, 3,5 % латышей, 1,7 % поляков, 3,1 % украинцев, 0,5 % белорусов, 0,2 % армян, 0,1 % грузин, а также представители других национальностей.
Одной из основных задач кадрового аппарата ВЧК было проведение чисток личного состава. Впервые вопрос о чистке личного состава Дзержинский поднял уже 26 апреля 1918 г. В марте и сентябре 1920 г. Президиум ВЧК издал приказы о чистках личного состава ВЧК. Президиум потребовал в трехнедельный срок «произвести тщательный пересмотр всего личного состава Чека» и «удалить из среды сотрудников всех лиц, внушающих малейшее подозрение честности или твердости убеждений, соответствующих чекистам, а также нетрудоспособных и лентяев».
Все годы Гражданской войны во главе ВЧК стоял Дзержинский, обладавший огромным личным авторитетом. Большевистское руководство направляло его на самые ответственные участки работы. Оставаясь на посту руководителя чекистского ведомства, он одновременно назначается наркомом внутренних дел (с 1919 г.), затем наркомом путей сообщения (с 1921 г.), председателем ВСНХ СССР (с 1924 г.), избирается кандидатом в члены Политбюро (с 1924 г.), возглавляет Комиссию по улучшению жизни детей при ВЦИК и т. д. Высокий авторитет Дзержинского среди чекистов являлся одним из немаловажных факторов, сдерживавших злоупотребления сотрудников ЧК и прививавших им определенную идейность.
Уже при создании ВЧК проблема методов ее деятельности явилась одной из центральных для чекистов. «Перед нами стоял сложный вопрос: как бороться с контрреволюцией?» — вспоминал Петерс. Он писал, что ВЧК испытывала затруднения в выборе методов борьбы с врагами.
В годы Гражданской войны в деятельности ВЧК и ее органов сложились методы открытой и скрытой (негласной) работы. Необходимость применения первого метода признавалась всей партией. Дзержинский и его подчиненные первоначально считали свое ведомство органом «непосредственной расправы» с контрреволюционерами, органом «устрашения» врагов Советской власти. Что касается негласной, агентурной борьбы, то среди партийных, советских работников и самих чекистов она поначалу вызывала осуждение из-за сходства с методами работы царской полиции. Такой точки зрения, кстати говоря, придерживался и сам Дзержинский на протяжении двух первых лет существования ВЧК. Острейший кадровый голод и непрофессионализм многих чекистов, также способствовали преобладанию в деятельности ВЧК, особенно в 1918–1919 гг., методов прямого подавления и устрашения.