Обстановка Гражданской войны с необходимостью требовала от чрезвычайных комиссий применения метода «открытого воздействия» на преступные элементы. Это воздействие осуществлялось прежде всего военно-боевым путем: разоружение контрреволюционеров, обыски, облавы, фильтрация населения и т. д. Боевые операции проводились и против банд дезертиров, и против спекулянтов. Трудно найти хоть одно сколько-нибудь серьезное вооруженное выступление в РСФСР, к ликвидации которого не привлекались бы войска ВЧК.
В 1920 г., объясняя советской общественности необходимость подобных методов борьбы, ответственный работник ВЧК Лацис писал, что в острейшей обстановке, «когда целое учреждение, полк или военная школа замешаны в заговоре, то нет другого способа, как арестовать всех, чтобы предупредить возможную ошибку и в процессе тщательного разбора дела выделять и освобождать арестованных».
Открытая борьба против контрреволюционных и других преступных элементов осуществлялась путем массовых обысков, облав, арестов и т. п. Нередко подобные операции приносили весомые результаты. Так, в июне 1919 г. в ходе массовых обысков в буржуазных кварталах Петрограда удалось изъять 662 винтовки, 674 револьвера, до 142 тыс. патронов и другое оружие. Вместе с тем, массовые облавы и обыски неизбежно сопровождались арестами невиновных, различными эксцессами и злоупотреблениями. Все это вызывало серьезное недовольство населения.
В годы Гражданской войны ВЧК и ее органы широко практиковали систему заложничества, массовые аресты и изоляцию в лагерях «классово чуждых элементов» — бывших капиталистов, помещиков, крупных домовладельцев, царских чиновников, жандармов, полицейских, не зарегистрировавшихся в военных комиссариатах офицеров и т. п. Нередко при обострении обстановки, начале антисоветских выступлений арестованных расстреливали.
Применяя метод открытой борьбы, чрезвычайные комиссии имели возможность ликвидировать контрреволюционные мятежи, дезорганизовывать и ослаблять силы врагов Советской власти в тылу республики, предупреждать готовящиеся антисоветские выступления. Однако только путем открытой борьбы ВЧК не могла решить задачу выявления, предупреждения и пресечения подрывных действий против Советской власти, получения данных о тайных планах контрреволюционеров, о структуре законспирированных организаций, их связях и т. д. При массовых обысках, облавах и арестах редко удавалось задерживать руководителей и активных участников заговорщических групп. Поэтому перед ВЧК остро встала необходимость применения метода негласной борьбы с противником.