В рамках достигнутой договоренности между военным ведомством и МВД на должности руководителей всех образованных в 1911 г. контрразведывательных отделений были прикомандированы офицеры Отдельного корпуса жандармов, имевшие опыт оперативно-розыскной работы. К примеру, первым начальником КРО штаба Московского военного округа стал бывший помощник начальника Московского охранного отделения жандармский подполковник князь В. Г. Туркистанов.
Оказавшись во главе контрразведывательных подразделений, жандармские офицеры-розыскники в короткое время поставили на должный уровень работу с агентурным аппаратом, активно использовали при решении контрразведывательных задач наружное наблюдение и перлюстрацию корреспонденции. К тому же они достаточно легко находили взаимопонимание со своими бывшими коллегами в жандармских и полицейских учреждениях, используя возможности последних в интересах контрразведки.
Также как и в охранных отделениях, кроме руководителей КРО в работе с агентурой участвовали чины для поручений (от одной до трех должностей в отделении). Они руководили проверкой поступивших сигналов о шпионаже, вербовали новую агентуру, позднее, в годы Первой мировой войны, часто выступали в роли начальников контрразведывательных пунктов. На должность чина для поручений, как правило, приглашались бывшие служащие полиции, суда, другие лица, имевшие определенную юридическую подготовку.
Старшие наблюдательные агенты отвечали за организацию в отделении наружного наблюдения, а также проводили в необходимых случаях оперативную установку на интересовавших контрразведку лиц. Самой многочисленной категорией служащих контрразведывательных отделений являлись младшие наблюдательные агенты (филеры). В зависимости от важности и величины территории обслуживаемого района в каждом КРО насчитывалось от 6 до 12 таких служащих.
Все чины КРО, за исключением начальника и помощника начальника отделения, набирались на службу в контрразведке по вольному найму самими руководителями контрразведывательных подразделений. Они не имели воинских званий и не считались состоящими на государственной службе.
Контрразведывательные отделения насчитывали, как правило, порядка 20–30 человек сотрудников. Эта численность явно не соответствовала объему решавшихся ими задач, так как каждое КРО в мирное время обслуживало в контрразведывательном плане территорию нескольких губерний. Только в годы Первой мировой войны количество сотрудников в КРО несколько выросло.
Вплоть до 1917 г. военное ведомство не пыталось организовать специальную подготовку для личного состава контрразведки. После Февральской революции Временное правительство по политическим мотивам приняло решение уволить из органов контрразведки бывших жандармов и заменить их армейскими офицерами. В результате данной акции российская контрразведка была фактически обезглавлена, так как абсолютное большинство руководителей КРО в тылу и на фронте являлись жандармскими офицерами. Для того, чтобы выправить положение, при Главном управлении Генерального штаба были организованы месячные курсы по подготовке начальников и помощников начальников контрразведывательных отделений. При КРО штабов фронтов одновременно разворачивались курсы по обучению наблюдательных агентов для органов контрразведки, подобранных из числа солдат и унтер-офицеров. Продолжению этой работы помешала Октябрьская революция 1917 г.