Когда весной 1492 года король и королева уехали из Гранады, они передали власть триумвирату, состоявшему из Эрнандо де Сафра (королевского секретаря), графа Тендилья, члена могущественного семейства Мендоса, чьи предки с начала XV века были генерал-капитанами на границе с Гранадой, и Эрнандо де Талавера, первого архиепископа Гранады, чьи либеральные взгляды и интерес к знаниям арабов во многом повлияли на включение мавров в христианские органы управления. Первейшей задачей триумвирата было обеспечение охраны общественного порядка и укрепление власти короны над завоеванным эмиратом. Особенно трудным оказалось выполнение этой задачи в гористом, кишевшем бандитами районе Альпухаррас, для управления которым осенью 1492 года учредили пост специального королевского представителя под названием Alcalde Major de las Alpuharras.
Страх перед восстаниями, особенно в Альпухаррас, не покидал христианских завоевателей, чему способствовала близость мавров из Северной Африки. Мавританская Испания и мавританская Северная Африка, так долго составлявшие единую цивилизацию, внезапно оказались искусственно разделенными. Опасаясь создания коалиции африканских и испанских мавров, не желавших признавать новые границы, Фердинанд и Изабелла постарались как можно лучше защитить их, построив вдоль побережья Андалусии сторожевые крепости и разместив там гарнизоны. Кроме того, они делали все возможное, чтобы склонить наиболее влиятельных мавров Гранады остаться жить в королевстве. Тем, кто желал уехать, оказывалась помощь, и осенью 1493 года злополучный Боабдиль с шестью тысячами мавров отбыл в Африку, где через несколько лет был убит в сражении. После этого в завоеванном эмирате осталось жить лишь очень небольшое число знатных мавританских семей, и тем, кто остался, дабы ублажить их, были даны должности в королевской администрации.
Вполне возможно, что Гранада оставалась бы мирным регионом, довольным своими новыми правителями, если бы не вопрос религии. Эрнандо де Талавера всегда скрупулезно соблюдал соглашение 1491 года, гарантировавшее маврам свободное отправление своей веры. Пораженный культурными достижениями мавров и упором, который они делали на благотворительность, он не применял и не симпатизировал политике насильственного обращения. Его идеалом была мягкая ассимиляция, от которой и испанцы, и мавры могли бы многое выиграть. «Мы должны перенять их благотворительную практику, а они нашу веру. Тогда к обращению их приведут проповеди и наставления, для чего требуется, чтобы христианские служители церкви учили арабский язык и пытались понять обычаи общества, вверенного нашим заботам».