Несмотря на то что в некоторых аспектах политика Талаверы давала замечательные результаты, она, к несчастью, столкнулась с сильной оппозицией его христианских коллег, которые считали, что обращение идет недостаточно быстро. Главным поборником силовой политики выступал архиепископ Толедо Сиснерос, приехавший в Гранаду с Фердинандом и Изабеллой в 1499 году. В слепом неведении этот фанатик оттеснил мягкого Талаверу и начал проводить политику массового насильственного крещения мавров. Вскоре его действия привели к предсказуемым результатам. Номинально тысячи мавров стали христианами, но в ноябре 1499 года в Альпухаррас, густонаселенном районе на склонах гор Сьерра-Невада, вспыхнуло стихийное восстание. В марте 1500 года Фердинанд начал наступление, восстание было подавлено, и после сдачи маврам предложили выбор: уехать или креститься. Поскольку для большинства населения не существовало другого варианта, кроме того, чтобы остаться, это означало, что, согласно изданному в феврале 1502 года эдикту об изгнании всех необращенных взрослых мавров, все мавританское население Гранады автоматически стало «христианами».
Последствия этого эдикта оказались неудовлетворительными для христиан и почти невыносимыми для мавров. Убежденные в том, что соглашение 1491–1492 годов было вероломно нарушено, они в полном негодовании отчаянно цеплялись за свои обычаи и ритуалы, тайно исповедуя то, что было запрещено официально. Испанцы настаивали, что обращение не было насильственным, поскольку маврам предоставили в качестве альтернативы эмиграцию, но даже самым фанатичным из них пришлось признать, что оно было далеко не желанным. Исправить этот недостаток могли только усердная проповедь и убеждение, но андалузские священнослужители демонстрировали прискорбное неумение и нежелание соответствовать потребностям мавританского населения. Поскольку андалузская церковь не горела желанием заниматься обращением, а мавры не рвались креститься, процесс зашел в тупик. В течение первой поло вины XVI века в Андалусии существовал неустойчивый компромисс: мавры, номинально являясь христианами, на практике продолжали оставаться мусульманами, а власти воздерживались от силового исполнении указа 1508 года, запрещавшего маврам носить традиционную одежду и следовать своим обычаям.
Опасность восстания недовольных жителей Гранады, которых могли поддержать их соплеменники из Северной Африки, неизбежно явилась дополнительным стимулом для реализации давно задуманного проекта крестового похода на африканские берега пролива. Это стало бы естественным продолжением завоевания Гранады, время для которого казалось очень подходящим. В конце XV века государственная система Северной Африки переживала процесс распада. Обострились разногласия между Алжиром, Марокко и Тунисом, между жителями гор и равнин, между традиционными обитателями и недавними эмигрантами из Андалусии. Правда, Северная Африка была сложным регионом для проведения военных кампаний, но местные жители не знали новой техники ведения боя, используемой кастильцами, а их внутренние раздоры, как ранее распри в эмирате Насридов, давали испанцам заманчивые возможности.