Таким образом, известный боевой опыт ССО Азербайджана в значительной степени связан только с армяно-азербайджанским конфликтом. После заключения перемирия в 1994 г. ситуация была заморожена, но между сторонами сохранялась протяженная линия соприкосновения — фактическая замороженная линия фронта, на которой временами происходили перестрелки и прочие инциденты.
На протяжении 2010-х гг. обстановка в зоне замороженного конфликта стала постепенно обостряться. С одной стороны, Азербайджан при президенте Ильхаме Алиеве проводил последовательное масштабное перевооружение и модернизацию вооруженных сил за счет доходов от экспорта нефти и газа. С другой стороны, политический мирный процесс зашел в тупик. Количество вооруженных инцидентов неумолимо росло, а их масштабы увеличивались.
В начале апреля 2016 г. на линии соприкосновения вспыхнули самые серьезные бои после окончания первой карабахской войны. Азербайджанские вооруженные силы провели скоротечную ограниченную наступательную операцию на двух участках фронта и взяли под контроль от 8 до 20 кв. км (по данным разных сторон) территории, которая ранее контролировалась армянской стороной. Первый ночной удар нанесли подразделения сил специального назначения. Штурмовые группы азербайджанского спецназа при поддержке артиллерии, БЛА и вертолетов обеспечили захват армянских позиций на некоторых высотах, пусть и ценой заметных потерь со своей стороны. Это позволило подошедшим во втором эшелоне танкам и мотострелкам развить первоначальный успех и далее закрепиться на отбитых рубежах до наступления режима прекращения огня.
Армения тогда официально обвиняла азербайджанский спецназ в пытках и убийствах мирных жителей, азербайджанская сторона подобные обвинения называла ложью.
Хотя территориальные изменения в ходе четырёхдневных вооруженных столкновений 2016 г. были незначительными, очевидно, что высшее политическое и военное руководство Азербайджана было удовлетворено такой пробой сил. В Баку утвердились в правильности выбранного курса военного строительства, а также занялись исправлением выявленных проблемных точек. В последующие четыре года вдоль линии соприкосновения продолжались многочисленные инциденты и стычки.
Очередное серьезное обострение произошло в июле 2020 г. со столкновениями непосредственно в районе государственной границы Армении и Азербайджана, которые продолжались несколько дней. В ходе тех столкновений на границе министерство обороны Армении сообщало, что около 100 азербайджанских спецназовцев пытались провести диверсии в районе границы с Товузским районом. В военном ведомстве Азербайджана ответили, что подразделения ССО не были задействованы в боевых действиях на границе.