Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н.Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все еще опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.
В 1819 году были преданы земле все экспонаты анатомического кабинета Казанского университета, по причине того, что «мерзко и богопротивно» употреблять «создание и подобие Творца человека на анатомические препараты» (хотя «распилить» тело «святого» на мощи – считалось богоугодным, но для поиска причин болезни и лечения оной нельзя).
В 1866 г. появилась замечательная книга русского ученого И.М.Сеченова «Рефлексы головного мозга». Опасаясь, что развитие естествознания и распространение материалистических идей подорвет основу христианской религии – веру в бессмертие души, по настоянию духовных цензоров эту книгу «за изложение самых крайних материалистических взглядов» признали вредной и наложили на нее арест. Автора хотели сослать в Соловецкий монастырь «для смирения и исправления». Но к книге И.М.Сеченова было привлечено внимание общества, и, боясь возбудить к ней особый интерес, цензурное ведомство было вынуждено снять с нее арест. Однако труд И.М.Сеченова продолжал долгое время числиться в списках запрещенных книг. Автора книги зачислили в число «неблагонадежных» и запретили ему читать лекции для народа («Материалы по пересмотру действующих постановлений цензуры и печати», ч. I. СПб., 1870, с. 499–505; В.Прокофьев, Атеизм русских революционных демократов. М., 1955, с.88).
Французская буржуазная революция 1789 г. напугала церковь и самодержавную власть. Опасаясь проникновения в Россию революционных идей, самодержавие усилило цензурные репрессии. Во многих городах были организованы цензурные комитеты с участием представителей духовного ведомства. Эти комитеты были настоящими инквизиционными трибуналами. Они сжигали на кострах «вредные» книги, преследовали их авторов и лиц, заподозренных в хранении этих книг. Не довольствуясь деятельностью этих инквизиционных трибуналов, Синод организовал в 1797 г. еще особую духовную цензуру, которой были предоставлены самые широкие полномочия.