Еще одним ударом для царя стала гибель наследника, когда в ноябре 1581 г. в приступе ярости он убил своего сына — царевича Ивана Ивановича. Второй его сын, Федор Иванович, был не подготовлен к управлению обширным государством. Для психически неуравновешенного царя был характерен внезапный переход от лютости к столь же неистовому покаянию, когда он усердно замаливал свои грехи и когда по его указанию составлялись синодики для поминовения убиенных им во время заупокойных молитв. Столь же неистово каялся царь и после сыноубийства и даже думал отказаться от царства и уйти в монастырь.
Убийство собственного сына окончательно сломило царя. Уже ничто не могло принести ему радости. 19 ноября 1582 г. от седьмой жены Марии Нагой у него родился сын Дмитрий. В 1583 г. к Ивану Грозному явился один из атаманов Ермака, Иван Кольцо, который принес государю известие о завоевании Сибирского ханства казаками Ермака Тимофеевича. Царь явно сдал физически. По отзывам иностранных современников, царь «был приятной наружности, имел хорошие черты лица, высокий лоб, резкий голос». По мнению русских очевидцев, «Царь Иван образом нелепым, очи имея серы, нос протягновен и покляп, возрастом велик бяше, сухо тело имея, плещи имея высоки, груди широки, мышцы толсты». С 1584 г. он тяжело заболел и стал опухать, хотя еще в 1583 г. мог выпить большой кубок за здоровье «своей доброй сестры» королевы Елизаветы.
Чем хуже становилось его здоровье, тем больше думал Грозный о кончине. Проливший потоки крови, он боялся смертного часа и выслушивал предсказания волхвов и астрологов по поводу срока своей смерти. Он и получил от них предсказание, что умрет 18 марта. Узнав об этом, он подготовил завещание. Утром 18 марта 1584 г. он почувствовал себя лучше и тут же объявил, что если он останется жить, то казнит всех предсказателей. Ничто не предвещало скорого конца. Царь принял теплую ванну, затем сел играть в шахматы с князем Богданом Яковлевичем Бельским. Внезапно во время игры наступила смерть.
Деспотом, создателем опричнины и виновником гибели множества людей вошел в историю и остался в памяти народа царь Иван Васильевич Грозный. Вместе с тем вокруг его имени сложился миф, так выраженный князем Шаховским: «К ополчению дерзостен и за отечество свое стоятелен». Имея заслуги в присоединении Казани, способствуя присоединению Астрахани, Грозный затеял войну в Прибалтике. Он не проявил себя полководцем и, наоборот, подозревая всех в измене, сдерживал инициативу воевод и погубил многих заслуженных и талантливых военачальников. Виновником проигрыша Ливонской войны был именно он. Его политика способствовала разорению страны и созданию предпосылок невиданной ранее в истории гражданской войны, растянувшейся на полтора десятка лет. Он не смог даже сохранить свою династию. Русский народ, по сообщению иностранцев, он презирал, говоря: «Русские мои все воры», а о себе говорил: «Я не русский, предки мои германцы».