После свадьбы Иван Грозный выделил царевичу Федору большое удельное княжество, кстати, по размерам превосходящее многие европейские государства, с городами Суздаль, Ярославль и Кострома и многими волостями и селами. Ничто не предвещало перемен в тихой размеренной жизни молодого царевича Федора с супругой.
9 ноября 1581 г. Иван Грозный случайно убивает своего старшего сына Ивана. Существует несколько версий убийства, но самая распространенная заключается в том, что царь застал свою сноху, третью жену царевича Ивана Елену Шереметеву, лежащей на скамье в одной рубахе. Он счел это оскорбительным и принялся колотить ее посохом. Царевич заступился за свою жену, отчего получил роковой удар в голову. Елена была беременна, и от побоев у нее случился выкидыш, а царевич Иван скончался. Царь, конечно, не собирался убивать своего сына, тем более наследника престола. Однако этот поступок может свидетельствовать нам как о дикой необузданности Грозного, так и о возможно напряженных отношениях между отцом и сыном.
Иван очень сильно горевал о гибели сына. Он несколько дней плакал и молился. Однако факт остается фактом — смерть царевича Ивана Ивановича превращала Федора в наследника престола. Современникам было понятно, что он совершенно не готов к управлению государством, да и его к этому никто не готовил. Федор постоянно находился на заднем плане, в тени старшего брата. Тревогу вызывало и то, что у Федора и Ирины не было детей. Отсутствие у них детей означало отсутствие наследников, т. е. угрозу прекращения династии, ведь он оказывался последним из царского рода Рюриковичей. Противники Годуновых стали советовать царю развести Федора якобы с бесплодной Ириной, полагая, что дети у Федора могли бы появиться в результата его нового брака. И тут впервые Федор проявил упрямство и отказался разводиться. Он искренне любил свою жену, и в то же время не обошлось здесь и без влияния на царевича Годуновых, которым он безмерно доверял и которые осуществляли над ним присмотр. Развод бы означал падение могущественного семейства. Царь не стал настаивать на своем.
Уже через год после трагической гибели царевича Ивана, 19 октября 1582 г. царица Мария Нагая родила царю сына Дмитрия. Надежда на сохранение династии хоть слабая, но появилась. Правда, права Дмитрия на престол были не бесспорны, так как Церковь признавала законными только три брака, а Дмитрий, как мы помним, был сыном Ивана от седьмой жены. Тем не менее, рождение еще одного царевича усилило позиции при дворе клана Нагих, стоящих за царицей и царевичем Дмитрием.