18 марта 1584 г. умер Иван Грозный. Смерть тирана вызвала растерянность двора. Немедленно ворота Кремля были заперты, а его гарнизон поднят по тревоге. Нагие хотели возвести на престол малолетнего Дмитрия в обход старшего Федора, мотивируя это недееспособностью царевича. Им удалось привлечь на свою сторону всесильного Богдана Бельского. Бельский ввел в Кремль несколько стрелецких сотен и пообещал им «великое жалование» и привилегии, если они не будут слушаться бояр, а станут подчиняться только ему. Однако эти действия вынудили объединиться боярскую аристократию против «опричников». Никита Романович и Иван Мстиславский собрали большую толпу вооруженных дворян и холопов и попытались проникнуть в Кремль. По Москве был распущен слух, что Бельский со своими приспешниками извел царя Ивана, а теперь хочет побить бояр, извести царя Федора и сам сесть на царский престол.
К Кремлю стал собираться народ. Москвичи захватили пушки, с помощью которых хотели разбить Фроловские ворота и ворваться в Кремль. Засевшие в Кремле стрельцы открыли по толпе огонь из пищалей, толпа также ответила огнем. В ходе перестрелки были убитые и раненые. Бельский струсил, и заговор потерпел неудачу. Толпа требовала выдать на расправу Бельского, и тогда бояре объявили, что царь Федор приказал сослать Богдана Бельского в Нижний Новгород. Действительно, Вельский был выслан из Москвы, правда на воеводство. Бунтующие москвичи успокоились и разошлись. Вслед за ним царевич Дмитрий с матерью и семейством Нагих были высланы в Углич, выделенный ему в удел правительством Федора.
Московские события заставили боярское правительство на время отложить разногласия и принять меры, направленные на упрочение государственной власти. С этой целью 24 апреля 1584 г. спешно был созван Земский собор, целью которого было избрание Федора на царство. Соборное избрание должно было укрепить его позиции на престоле. В результате Федор «поставлен бысть на царство царем… митрополитом Дионисием и всеми людьми Русские земля». Торжественная церемония венчания Федора на царство «по греческим обычаям» произошла 31 мая. Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Федор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу — Борису Годунову. Некоторые современники увидели в этом в принципе незначительном эпизоде недобрый знак. Началось новое царствование.
Новое царствование означало серьезную перемену установившихся при Грозном порядков. Стала возрождаться Боярская дума, значение которой при Иване Грозном упало. Началась раздача наград и пожалований, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть старшего боярина, который когда-то был упразднен Иваном Грозным. Дума стала пополняться сторонниками клана Годунова.