Теперь же во главе борьбы с Борисом встали князья Шуйские. Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. Они сумели привлечь на свою сторону московских купцов и «черных людей». По Москве стали распускаться слухи, что Борис Годунов хочет извести царя Федора. Но разбушевавшаяся чернь вышла из-под контроля Шуйских, и они, испугавшись, решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. Это был очень честолюбивый церковный иерарх, также мечтавший стать правителем при набожном царе Федоре. С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские примирились с Годуновыми. Как сообщает автор «Нового летописца», из толпы вышли два купца и сказали боярину: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасти и нам погибнуть». И в ту же ночь, со слов того же летописца, эти два купца пропали.
На некоторое время боярская борьба за власть затихла. Но клан Шуйских готовил новый удар. Их план заключался в том, чтобы, использовав бездетный брак царя Федора, обвинить в «неплодии» царицу Ирину, сестру Бориса, и потребовать развода у царя. Успех этого плана означал бы конец политической карьеры Бориса Годунова. План этот давал возможность Шуйским разнить агитацию среди населения и изобразить себя как заботящихся о благе государства и царской династии. Шуйских поддержал митрополит московский и всея Руси Дионисий.
Вскоре царю Федору было подано прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Это прошение было подписано главой тогдашней оппозиции князем Иваном Шуйским, рядом членов Боярской думы, митрополитом Дионисием, епископами и вождями посада.
Однако заговорщики недооценили характер Федора. Как мы помним, еще Иван Грозный пытался развести сына, но натолкнулся на решительный отказ. Теперь же развода требовал не свирепый отец, а всего-навсего поданные. Царь категорически отверг идею развода. Этот вопрос был снят. Но Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан в начале 1587 г. Правительство оказалось в опасности. Властям пришлось даже отсиживаться в кремле в осаде от «заворовавшихся» мужиков. Тем не менее мятеж был подавлен. Расправа над побежденными на сей раз была жестче.
Семь купцов, сторонников Шуйских, были публично казнены у Кремлевской стены. Десятки торговых людей сосланы. Митрополит Дионисий был лишен кафедры и сослан в монастырь, уступив место ставленнику Бориса Годунова, Иову. Князья Шуйские были отправлены в ссылку. Ивана Петровича Шуйского, главу клана, постригли в монахи и отправили на Белоозеро, где он вскоре и умер. Поговаривали, что его так попарили в бане, что он угорел.