Наверно, не следует особенно упрекать Швейцера, пробывшего в Берлине сравнительно недолго, за то, что он сосредоточил все свое внимание на духовной жизни города. Истинное положение дел в городе осталось от него сокрытым; в действительности будни большинства жителей Берлина выглядели совсем по-другому. За период с 1890 по 1905 год население Берлина и окрестностей увеличилось с 1 миллиона 850 тысяч до 3,2 миллиона. Людей привлекала сюда надежда на лучшую жизнь: особенно охотно устремлялись в Берлин жители Силезии и восточных районов империи. Подъем промышленности и кризисы чередовались, и радужные надежды трудового населения сменялись тяжким бременем нищеты. Рабочий зарабатывал в неделю в среднем около 20 марок. Осенью 1901 года было опрошено 550 тысяч берлинских семей, среди них оказались 77 501 безработный и 53 098 занятых неполный рабочий день; свыше 4200 человек вынуждены были ютиться в ночлежках. Нужда в жилье среди бедняков достигла чудовищных размеров. Дома, сдаваемые внаем, или, точнее, казармы с их тесными задними дворами были красноречивым свидетельством страсти к наживе, с одной стороны, и беспросветной нищеты ― с другой. А сколько людей ютилось в невыносимых условиях в подвалах ― этого никто никогда не подсчитывал. Художник Генрих Цилле запечатлел для последующих поколений нищету обителей берлинских задних дворов тех лет.
Некоторое удивление вызывает тот факт, что Швейцер не заметил резких социальных контрастов Берлина, тем более что сам он еще ребенком болезненно воспринимал социальную несправедливость.
В берлинских библиотеках Швейцер намеревался прежде всего прочитать произведения философов древности и новейших времен. Наряду с этим он посещал лекции Адольфа фон Харнака, Отто Пфлайдерера, Юлиуса Кафтана, Фридриха Паульсена и Георга Зиммеля в университете. Семинары последнего он стал вскоре посещать регулярно. На переломе века философ Георг Зиммель завоевал репутацию одного основателей современной буржуазной социологии. С историей догм, разработанной фон Харнаком, специализировавшемся на истории церкви, Швейцер познакомился еще в Страсбурге, в Берлине же он стал в доме учителя своим человеком, между ними сохранились дружеские отношения и в последующие годы, которые, правда, преимущественно выражались в переписке, обмене открытками: Харнак приветствовал подобный способ связи для обмена философскими суждениями.
Разумеется, Швейцер старался продолжать свои занятия музыкой. Его друг Видор щедро снабдил его рекомендациями к известным берлинским органистам. Однако почти все они разочаровали его, «потому что больше стремились к внешней виртуозности, чем к истинной пластичности игры». Еще больше разочаровали его новые берлинские оргáны, их громкое сухое звучание «в сравнении с инструментами Кавайе-Колла в церкви Сен-Сюльпис и соборе Нотр-Дам». Органист церкви памяти императора Вильгельма профессор Генрих Райман разрешил Швейцеру регулярно упражняться на церковном органе. Кроме того, он предложил Швейцеру заменять его на время его отпуска. Райман был общительным человеком и познакомил Швейцера с известными музыкантами, художниками и скульпторами Берлина.