Много времени провел Швейцер в Берлине у Карла Штумпфа, который занимался психологическими исследованиями восприятия музыки. Желая пополнить свои познания в области теории музыки, даже во второстепенных вопросах, Швейцер выказал большой интерес к этой работе. Он принимал участие в экспериментах, проводимых Штумпфом и его ассистентами. Впоследствии он признавался, что и тут выполнял роль своего рода подопытного кролика, как и в бытность свою в Париже, на занятиях с Мари-Жаэль. О том, в какой мере ему были полезны эти занятия, Швейцер ничего не сообщает, очевидно, они не показались ему столь интересными, как некогда упражнения Мари-Жаэль в Париже.
Несравненно большее впечатление произвело на Швейцера знакомство с академическими кругами Берлина. Вдова Эрнста Курциуса, эллиниста с мировым именем и наставника кайзера Фридриха, радушно приняла молодого эльзасца, доброго знакомого ее пасынка — крайздиректора Фридриха Курциуса из Кольмара. Даже и после смерти Эрнста Курциуса, последовавшей в 1896 году, дом этот продолжал оставаться местом встречи всей духовной элиты Берлина. Все, кто только принадлежал к ученому миру и обладал известностью, считали обязательным являться в салон вдовы Курциуса на журфиксы и участвовать в непринужденных беседах.
На пороге нового века, в период становления империализма в Германии, Берлин переживал пору подъема, а общественные науки находились в самом расцвете. Но уже тогда намечался грядущий исторический упадок. Здесь, в Берлине, Швейцер осознал это с особой ясностью. Как уже говорилось, Швейцера рано начали волновать социальные язвы, а в годы студенчества он уже увидел внутреннюю пустоту культурных запросов буржуазии. Во время бесед о европейской культуре в доме Курциуса он окончательно уяснил для себя, что буржуазная культура неотвратимо клонится к закату. В одной из таких бесед кто-то из ее участников обронил замечание: «Дa что уж там говорить, все мы всего-навсего эпигоны». Эти случайно брошенные слова глубоко запечатлелись в памяти Швейцера. Спустя каких-нибудь десять лет друзья Швейцера станут упрекать его в том, что он будто бы стремится бежать от упадка культуры, повернувшись спиной к самодовольным западным эпигонам и на практике осуществляя в Африке завет любви к ближнему. Его первые высказывания с критикой современной ему действительности и культуры воспринимались как якобы некий «пессимизм конца века», сама же резкость его критических суждений вызывала у одних недоумение, у других — протест. Но сейчас еще рано об этом говорить, лишь спустя много лет Швейцер выскажет подобные мысли. И все же отныне он неизменно размышлял о судьбах культуры.