После ожесточенных споров, свидетелем которых он был в Париже, Швейцер наслаждался духовной атмосферой Берлина, простотой общения и знакомств. Особенно любил он беседовать с немолодым уже Германом Гриммом, знаменитым историком искусства, который всеми силами пытался отвратить Швейцера от его еретических утверждений, будто «изложение событий в четвертом евангелии расходится с изложением в первых трех».
Лишь накануне защиты диссертации Швейцер возвратился в Страсбург. Устный экзамен, на взгляд профессоров Циглера и Виндельбанда, прошел не совсем удачно. Экзаменаторы, которые уже были знакомы с диссертацией Швейцера, ожидали от него большего. Да и сам Швейцер был собой недоволен: увлекшись изучением философских трудов в оригинале, оживленными спорами в доме Курциуса и экспериментами Карла Штумпфа, на что ушло много времени, он давно уже не читал учебников. Тем не менее в предпоследний день июля 1899 года Страсбургский университет присвоил Швейцеру степень доктора философских наук. Ему было в ту пору двадцать четыре года.
Благодаря рекомендации Xольцмана солидное тюбингенское издательство в том же году выпустило диссертацию Швейцера отдельной книгой под названием «Философия религии Канта от „Критики чистого разума“ до „Религии в пределах только разума“».
После защиты диссертации по философии Швейцер, казалось бы, уже должен был избрать для себя определенное поприще практической деятельности. Стипендия Голла, разумеется, позволила бы ему и в дальнейшем пополнять свои знания по собственному желанию. Швейцеру, к примеру, очень хотелось съездить на несколько месяцев в Англию, чтобы усовершенствовать свои познания в английском языке и одновременно изучить творения английских философов непосредственно у них на родине. Однако он посчитал своим моральным долгом как можно скорее приобрести степень лиценциата теологии, чтобы таким образом высвободить стипендию для своих нуждающихся собратьев по университету. По странной иронии судьбы, следующий кандидат на стипендию Голла так и не воспользовался ею. И Швейцер всю жизнь жалел о том, что из деликатности, как выяснилось впоследствии, никому не нужной, отказался от возможности пополнить свои знания в Англии.
Он решил остаться на ближайшие месяцы в Страсбурге, но при этом как можно чаще наезжать в Париж. Прочитав корректуру своей диссертации, в срочном порядке присланную ему из Тюбингена, он начал писать труд по теологии, необходимый для получения звания лиценциата. Профессор Циглер советовал Швейцеру одновременно стать приват-доцентом философского факультета Страсбургского университета. Однако Швейцер понимал, что, став приват-доцентом философского факультета, он уже не сможет занять место проповедника. А ведь именно это место привлекало его.