Подав ходатайство, чтобы его зачислили помощником пастора церкви св. Николая в Страсбурге, он приступил к службе 1 декабря 1899 года. Конечно, возможность читать лекции в университете представлялась чрезвычайно заманчивой, и Швейцеру было трудно совсем от нее отказаться. Но профессор Циглер дал ему понять, что начальство будет недовольно, вздумай он совмещать две должности — приват-доцента философии и проповедника.
Оставалась одна-единственная возможность, которая вполне устраивала Швейцера: защитить докторскую диссертацию на теологическом факультете. И Швейцер стал одновременно работать над двумя темами: первая предназначалась для получения звания лиценциата, вторая — для защиты докторской диссертации. Фонд св. Фомы за плату предоставил ему комнату — окнами в тихий сад с высокими старыми деревьями. Это было самое подходящее место для предстоящей напряженной работы. Здесь среди студентов молодому доктору философии, помощнику пастора, будущему лиценциату и приват-доценту Альберту Швейцеру жилось весьма привольно.
Служба в церкви св. Николая отнимала у него немного времени. Трижды в неделю он занимался со школьниками, обучая их закону божьему, иногда в присутствии обоих пасторов церкви св. Николая он служил воскресную службу, но чаще всего ему поручались вечерни. У Швейцера оставалось достаточно времени, чтобы работать над своей диссертацией на звание лиценциата. Кроме того, он погрузился в изучение жизни Иисуса, поскольку эта тема занимала его уже несколько лет.
Его диссертация называлась так: «Проблема тайной вечери в свете научных исследований XIX века и исторических источников». Швейцер в этой работе из всех своих изысканий, пусть еще с известной осторожностью, делает следующий вывод: Иисус был человеком своего времени, с ограниченным кругозором; он действовал и мыслил согласно представлениям своей эпохи и позднеиудейские мессианские ожидания наполнил собственными этическими устремлениями. Впоследствии Швейцер так писал о своих изысканиях: «В моей работе о проблеме тайной вечери я рассматриваю все решения, предлагавшиеся научной теологией вплоть до конца XIX столетия. Одновременно я пытаюсь диалектически раскрыть суть этой проблемы».
Диссертация, представленная им теологическому факультету Страсбургского университета, была принята, и 21 июля 1900 года Швейцер удостоился степени лиценциата теологии.
Уже на следующий год диссертация вышла в Гейдельберге отдельной книгой в 62 страницы.
Увлекшись однажды проблемой жизни Иисуса, Швейцер и впредь продолжал работать над ней. Через год после диссертации вышла в свет, опять же в Тюбингене, его книга «Тайна мессианства и страданий. Очерк жизни Иисуса», в которой Швейцер полемизирует с господствовавшими представлениями о характере общественной деятельности Христа. Здесь он уже более четко формулирует свои выводы: Иисус был обыкновенным человеком своего времени, хотя и обладавшим некоторыми незаурядными способностями. Вот что говорит по этому поводу Швейцер: «Ошибка всех прежних исследователей состояла в том, что они приписывали Иисусу сублимацию позднеиудейских мессианских ожиданий, тогда как в действительности он попросту наполнил их своей этической религией любви. Тот факт, что глубоко духовная религиозность и нравственность могли сочетаться со столь наивно-реалистическими представлениями, поначалу кажется нам чем-то непостижимым. Тем не менее это так».