После прихода к власти Александр III назначил его по рекомендации обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева министром государственных имуществ (в марте 1881 г.), а затем – министром внутренних дел (в мае). Ни к первой, ни ко второй должности Игнатьев не был подготовлен. Но он согласился, понимая, что отказ будет означать конец его государственной карьеры. Кроме того, после нескольких лет унижений появилась возможность проявить себя на новом поприще и заставить замолчать своих недоброжелателей.
На посту министра государственных имуществ Игнатьев пробыл всего полтора месяца. Своей задачей он считал улучшение природоохранного дела, развитие коннозаводства, охрану казенных земель. Выбор этих направлений деятельности был правилен и получил одобрение императора, который вскоре решил использовать энергию Игнатьева на новом, более важном для страны поприще.
Игнатьев стал министром внутренних дел в тяжелое для страны время. Революционный террор, конституционное движение, рабочие забастовки и крестьянские волнения потрясали Россию. Правящие круги были в растерянности. Необходимо было установить какое-то согласие в обществе.
Программная записка Игнатьева, поданная царю, предусматривала достижение сотрудничества народа и власти в деле установления порядка и искоренения «крамолы». Славянофильская идея о единении царя и народа захватила Игнатьева. Он верил в то, что народ «не заражен» либеральными идеями и предан самодержавию.
В основу своей деятельности на посту министра внутренних дел Игнатьев ставил три задачи – борьбу с революционным движением, облегчение положения крестьян, борьбу с бюрократизмом и казнокрадством.
Хотя задача облегчения положения крестьян стояла в программе Игнатьева на втором месте, он придавал ей едва ли не первостепенное значение. Бедственное положение крестьянства, задавленного налогами, выкупными платежами, нерешенность земельного вопроса усиливали протестные настроения в крестьянстве. Уход крестьян в города пополнял рабочую массу, беспощадно эксплуатируемую заводовладельцами. Игнатьев понимал, что продолжение такого положения рано или поздно приведет к взрыву народного гнева, который пока проявлялся в отдельных выступлениях. Политика Игнатьева в крестьянском вопросе преследовала цель улучшения экономического положения крестьян и его успокоения. Ряд циркуляров МВД губернаторам, изданных в мае – июне 1881 г., требовал от них принятия мер к прекращению крестьянских волнений, причем не карательными действиями, а внимательным разбором споров вплоть до личного общения. Одновременно были понижены (на 9 млн руб.) выкупные платежи и снижены недоимки (на 14 млн руб.). С целью поддержки крестьян ограничена продажа скота за долги, приняты меры к пресечению обезземеливания крестьянства. В мае 1881 г. последовал циркуляр МВД об обязательном переходе на выкуп временнообязанных крестьян. Была начата подготовка к организации Крестьянского банка, кредитующего покупку земли крестьянами. Это позволило снять напряжение в деревне и ослабить крестьянские волнения