Видя свою неудачу с кадетами, Пётр Аркадиевич вступил в переговоры с самой сильной правой партией — Союзом объединённого дворянства (председатель А. А. Бобринский), стоявшим за «облегчение для крестьян перехода к пользованию землёй на правах полной собственности» (Всеподданнейший адрес государю дворянского съезда). Кроме того, союз требовал роспуска Думы, введения скорорешительных судов, прекращения переговоров с кадетами и изменения избирательного закона в пользу дворянства. К 1907 году Столыпин выполнит эту программу, хотя и не без колебаний и лишь после того, как убедится в бесплодности своих усилий привлечь левые силы к созидательной деятельности.
Окончательно на позиции роспуска Думы Столыпин встал в конце июня, после разговора с государем. Этот шаг готовился самым тщательным образом, правительство всерьёз было испугано угрозами Думы поднять народное восстание, если она будет распущена. Роспуск Думы приравнивался правительством к прыжку в неизвестность, и Николай II, отдавая этот приказ, благословил Столыпина иконой.
Утром в воскресенье 9 июля Таврический дворец был занят войсками. Кабинет Горемыкина, выполнив роль громоотвода, подал в отставку, а ещё накануне Столыпин был назначен председателем совета министров.
Около ста депутатов попытались привести думские угрозы в исполнение и уехали в Финляндию, где выпустили так называемое Выборгское воззвание, в котором призвали население бойкотировать правительство, не платить налоги и не давать рекрутов в армию, но всё обошлось сравнительно тихо. Левые инспирировали солдатские мятежи в Свеаборге, Кронштадте и Ревеле, которые были быстро подавлены.
Столыпин, узнав о Выборге, презрительно усмехнулся: «Детская игра!», но свои козыри использовал сполна: все эти депутаты были лишены избирательных прав, их исключили из местных земских обществ. Партия кадетов была обезглавлена.
Месть левых последовала мгновенно. 12 августа 1906 года в полдень к даче Столыпина на Аптекарском острове подъехал экипаж, в котором сидели генерал, жандармский офицер и человек в штатском. Столыпин принимал посетителей, приёмная была забита людьми. Вновь прибывшие пожелали пройти на приём, но швейцар, заметив некоторые неточности в форме одежды военных, что-то заподозрил и не пропустил их. Подозрительная троица начала силой рваться в приёмную. На шум вышли два офицера из охраны Столыпина. И тогда в открытые двери приёмной полетела бомба… Страшный взрыв разрушил дачу почти до основания. Больше пятидесяти человек было убито и искалечено, среди них женщины, грудные дети…