Требование отделения Церкви от государства (понимаемое как отделение политики от нравственности) стало дежурным пунктом программы любой мало-мальски либеральной партии. Обсуждение законопроекта о свободе вероисповедания вызвало жаркие дебаты в III Думе. Левые депутаты стремились приравнять Российскую Православную Церковь к другим исповеданиям не столько в области формально-законодательной, сколько в самой возможности духовного влияния на русский народ. В ответ на это раздался звучный голос Столыпина: «Многовековая связь русского государства с христианской Церковью обязывает его положить в основу законов о свободе совести начала государства христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особой со стороны государства охраной. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу её начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающей нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевлялся именем Православия, с которым неразрывно связаны слава и могущество родной земли; вместе с тем права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и нравоучений… Отсюда, я думаю, вытекает, что отказ государства от церковно-гражданского законодательства… повёл бы к разрыву той вековой связи, которая существует между государством и Церковью, той связи, в которой государство черпает силу духа…»[85].
Столыпин предостерегал против формального понимания свободы совести: «Везде… во всех государствах, принцип свободы совести делает уступки народному духу и народным традициям и проводится в жизнь, строго с ними сообразуясь».
Когда законодательная комиссия по этому вопросу предложила провозгласить в самом законе свободу перехода из христианства в другие религиозные конфессии, Столыпин ответил, что это предложение должно быть подвергнуто «величайшему сомнению». «Народ наш усерден к Церкви и веротерпим, но веротерпимость не есть ещё равнодушие, — предупреждал он депутатов. — Вы будете руководствоваться, я в этом уверен… соображениями о том, как преобразовать… наш быт сообразно новым началам, не нанося ущерба жизненной основе нашего государства, душе народной, объединившей и объединяющей миллионы русских. Вы все, господа… бывали в нашей захолустной деревне, бывали в деревенской церкви. Вы видели, как истово молится наш русский народ… вы не могли не осознавать, что раздающиеся в Церкви слова — слова божественные. И народ, ищущий утешения в молитве, поймёт, конечно, что за веру, за молитву каждого по своему обряду закон не карает. Но тот же народ… не уразумеет закона, закона чисто вывесочного характера, который провозгласит, что Православие, христианство уравнивается с язычеством, еврейством (иудейством), магометанством. Господа, наша задача не состоит в том, чтобы приспособить Православие к отвлечённой теории свободы совести, а в том, чтобы зажечь светоч вероисповедной свободы совести в пределах нашего русского православного государства… Помните, что вероисповедный закон будет действовать в русском государстве и что утверждать его будет русский царь, который для слишком ста миллионов людей был, есть и будет царь православный»