Экземпляр для статических испытаний построен в Иркутске в 1995 г., для ресурсных испытаний – в 1997 г Первый летный экземпляр построен в противопожарном варианте, его облет с аэродрома выполнен 24 сентября 1998 г Второй летный экземпляр (облет – 27 августа 2002 г) выпущен в варианте Бе-200ЧС с расширенными возможностями: он может применяться для пожаротушения, оказания экстренной помощи в районах чрезвычайных бедствий, поиска и спасения на воде, санитарных и грузовых перевозок.
Стартовым заказчиком серийных самолетов-амфибий Бе-200ЧС стало МЧС России, подписавшее в 2001 г контракт на семь самолетов. В 2003-2006 гг корпорацией «Иркут» были поставлены заказчику первые четыре самолета (№101, 102, 201, 202). Пятый серийный самолет (№203) в апреле 2008 г был передан МЧС Азербайджана, что стало первой экспортной поставкой амфибий Бе-200. Два заключительных самолета иркутской сборки (№301, 302), облетанные в Иркутске в июле 2010 г и апреле 2011 г, перед поставкой заказчику прошли доработки на ТАНТК им. ГМ. Бериева и были переданы им авиации МЧС России в ноябре 2011 г.
В мае 2011 г. заключен государственный контракт на поставку российскому МЧС еще шести Бе-200ЧС – теперь уже таганрогской сборки. По имевшемуся плану, первые три из них должны быть переданы заказчику в течение 2013 г., еще три – в 2014 г.
В настоящее время в производстве ТАНТК ведется изготовление первого самолета по этому контракту (№303).
По состоянию на август 2012 г., в эксплуатации в авиации МЧС России находилось шесть серийных самолетов Бе-200ЧС (из них один проходил ремонт на ТАНТК, а остальные распределялись между авиабазами авиации МЧС в Жуковском, Красноярске и Хабаровске), еще один Бе-200ЧС использовался МЧС Азербайджана. Два первых опытных самолета – Бе-200 (RA-21511) и Бе-200ЧС (RF-21512) в 2005 г. были переданы ТАНТК им. Г.М. Бериева и с тех пор регулярно привлекались для тушения пожаров в странах Европы (Италия, Португалия и др.). В настоящее время первый опытный Бе-200 (RA-21511) находится на хранении в Таганроге, опытный Бе-200ЧС (№21512) остается в летной эксплуатации. В 2011 г на нем, в частности, было выполнено мировое турне по американскому континенту.
На основе базового противопожарного варианта Бе-200 разрабатываются грузопассажирский (Бе-200П, Бе-210), патрульный (Бе-200МП, Бе-220) и другие варианты самолета-амфибии, а также самолет аэродромного базирования (Бе-300).
29 декабря 2003 г. самолет Бе-200ЧС был сертифицирован Авиарегистром МАК по нормам АП-25, а 31 января 2007 г. получил дополнение к сертификату типа, позволяющее использовать его для перевозки 43 пассажиров на маршрутах средней протяженности при базировании как на аэродромах, так и на воде. В сентябре 2010 г. завершена процедура сертификации самолета-амфибии Бе-200ЧС-Е в Европе – создателям машины выдан сертификата типа ограниченной категории Европейского агентства авиационной безопасности (EASA).