Так окончилась грандиозная по тому времени разведигра Богдана Хмельницкого, непосредственными исполнителями которой были генеральный писарь Иван Выговский и полковник Лаврин Капуста. Все это настолько ввело в заблуждение российских историков, что в Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона по поводу Акундинова указывалось: «…Тимошка Акундинов, родом волгожанин, сын купца; он собрал среди казаков сильное войско, овладев несколькими городами, но потом, оставленный приверженцами, бежал в Константинополь, где обратился в ислам; был в Италии, где принял католичество, затем в Вене, Трансильвании, Швейцарии, Лейпциге, где принял лютеранство, и везде возбуждал интриги; наконец, он был арестован в Голштинии и отослан в Москву, где четвертован в 1653 году».
Лишь украинскому историку Юрию Джеджуле после исследований московских архивов удалось реконструировать достоверную историю жизни и смерти Тимофея Акундинова, который был в руках казацкого гетмана козырным тузом в дипломатической игре против московского царя.
Московский царь и бояре были настолько напуганы появлением Лжешуйского и поддержкой его казацким гетманом, что, забыв о страшном грехе нарушения «крестоцелования», решились на протекторат сразу же после приезда из Чигирина в Москву московского разведчика, архидьякона Арсения Суханова, его доклада и письма патриарха Паисия, которое передал Алексею Михайловичу назаретский митрополит Гавриил, прибывший вместе с Сухановым.
19 февраля 1651 года в Столовой палате Кремля московский патриарх Иосиф освятил Земский собор Московского царства, а царский дворецкий, князь Алексей Львов представил собору царскую грамоту, где указывалась просьба гетмана Зиновия Богдана Михайловича Хмельницкого о принятии Войска Запорожского под высокую государеву руку. Собор поддержал царя. Но только 22 июня 1653 года Алексей Михайлович направил Богдану Хмельницкому свою грамоту с послом Федором Ладыжинским о согласии взять под протекцию Войско Запорожское. Прошло еще полгода, прежде чем полномочный посол боярин Бутурлин прибыл в Переяславль для принятия присяги московскому царю от гетмана и всего народа Войска Запорожского, которая прошла в Переяславском соборе 8 января 1654 года. Однако здоровье гетмана оставляло желать лучшего: сказалась измена его супруги Елены Чаплинской и смерть его любимого сына Тимофея. Гетман был уже не тот, но железная его воля была не сломлена: еще два с половиной года он стоял во главе Войска Запорожского, отражая атаки польского короля, крымского хана, козни противников Переяславской Рады и бюрократизм московских бояр. Он свято соблюдал клятву, данную московскому царю в пределах протектората, сохранив за собой автономию Войска Запорожского, в том числе и право самостоятельных международных отношений. Предвидя свой близкий конец, он позаботился о том, чтобы после его смерти гетманом был избран его сын Юрий Хмельницкий. Царь письмом, датированным 18 мая 1657 года, подтвердил решение гетмана.