22 июля 1657 года у Богдана произошло кровоизлияние в мозг, а 27 июля великого украинского гетмана не стало: он скончался в 5.00 утра. Многие историки считают, что его похороны состоялись 23 августа. Его похоронили в Ильинской церкви его родовой усадьбы в Суботове.