Впрочем, Сунь не оставлял свои политические планы. 25 августа 1912 года он, вместе с группой членов своего бывшего союза, создал Китайскую национальную партию ― Гоминдан. В том же месяце он прибыл в Пекин, где несколько раз встретился с Юань Шикаем. 25 сентября 1912 года в Пекине лидеры различных политических групп, в том числе Сунь, подписали соглашение о предоставлении Юань Шикаю полномочий президента на 10 лет для стабилизации положения в стране и спасения нации. Сунь получил место управляющего железными дорогами.
Между тем, организация в Китае выборного правления оказалась не таким простым делом, как это казалось вначале поклонникам демократии. В конце 1912 года состоялись выборы в парламент. Хотя реорганизованный Гоминдан представлял собой, в сущности, незначительную партию, притом известную только на юге, да и там не имевшую надёжной социальной базы, удивительным образом получилось так, что на всекитайских выборах его кандидаты завоевали большинство в верхней и нижней палатах парламента. Юань Шикай не поручил Гоминдану формирование правительства; мало того, подобный сюрприз пришёлся ему весьма не по вкусу. 20 марта 1913 года Сун Цзюжень, организатор предвыборной кампании Гоминдана и кандидат в премьер-министры, был застрелен; вероятно, по приказу президента. Премьером был назначен командующий Бэйянской армией генерал Дуань Цижуй. Гоминдан попытался организовать вооружённое восстание, которое было без особого труда подавлено Юань Шикаем, объявившим 4 ноября 1913 года партию вне закона. Сунь Ятсен эмигрировал ― опять в Японию.
В январе 1914 года Юань Шикай распустил парламент. В декабре того же года он совершил торжественное жертвоприношение в храме Неба, исполнявшееся обычно императором, и стал готовить страну к восстановлению монархии.
Тем временем Сунь, находясь в эмиграции, начал борьбу против Юаня. 21 мая 1914 года он обратился с просьбой о помощи к японскому правительству (попросил деньги), обещая предоставить льготы в торговле. Просьба была отклонена. 5 июля 1914 года в Токио Сунь образовал новое общество, Китайскую революционную партию (гэминдан), поставившее целью "свержению реакционной диктатуры Юань Шикая". В обществе состояло порядка 160 человек. Летом 1914 года Сунь отправился в США для сбора пожертвований на политическую деятельность от китайцев-эмигрантов.
25 октября 1915 года Сунь Ятсен заключил брак с Сун Цинлин, сыгравший важную роль в его дальнейшей политической судьбе. Цинлин была одной из трёх дочерей бизнесмена Сун Яожу (Чарли Суна), лидера влиятельного шанхайского клана, по вероисповеданию христианина-методиста, некоторое время даже служившего священником. Сам Сунь тоже формально считался христианином, и тоже методистом; в 17 лет он был крещён в Гонолулу. Клан Сунов в дальнейшем играл важную роль в Гоминдане, в правительстве Сунь Ятсена, а потом Чан Кайши. По-видимому, этот брак можно было рассматривать и как "объединение финансов с политикой": у Суна были деньги, у Суня ― идеи и социальная программа. После венчания молодые (впрочем, Сунь был старше своей жены на 27 лет) поселились в Шанхае, в особняке на территории французской концессии.