Большей проницаемостью обладает гипоталамус, синтезирующий гормоны-пептиды. Некоторые из них выделяются прямо в кровь, и барьер здесь для них неуместен. Но и в этом уязвимом месте ГЭБ проницаем только для избранных молекул.
ГЭБ при некоторых патологиях препятствует лечению. Так, при инфекционных заболеваниях барьер, не пропуская антибиотики в ЦНС, не допускает и уничтожение возбудителя в ней путём обычного приёма лекарств в виде таблеток или уколов, т. е. введений в кровь. Приходится преодолевать часть барьера путём пункций в позвоночный канал или непосредственнных введений лекарства в мозг, что, конечно, технически значительно сложнее.
Из-за барьера часто невозможно применение противоопухолевых препаратов, не проходящих через ГЭБ.
Барьерные функции ставят самостоятельную транспортную задачу перед фармакологами — провести через ГЭБ известное средство, биологически активное на других тканях, создав новый препарат, в отличие от известного лекарственного средства проходящий через барьер. О таких способах подробнее будет сказано в следующем разделе.
Особенности развития ГЭБ приводят к возникновению нарушений, специфических именно для мозга, к аутоиммунным заболеваниямI, когда собственная иммунная система воспринимает свой организм или какую-то его часть, в данном случае нервную систему, как чужую ткань, и начинает с ней бороться, формируя против этой части организма антитела. Дело в том, что ГЭБ созревает и закрывается раньше иммунной системы, и когда созревает последняя, «знакомясь» со своими белками, чтобы против них не вырабатывать антитела, барьер уже закрыт и создаваемые антигены собственной иммунной системы не встречаются со специфическими макромолекулами, с белками и пептидами собственной нервной системы. Эти макромолекулы не запечатлеваются в иммуннологической памяти собственной иммунной системы, и впредь собственная система управления будет восприниматься своей же системой защиты как чужая, инородная, враждебная, как диверсант.
Если сделать вытяжку из ткани мозга и ввести полученную ткань в кровь, то в крови образуются антитела на специфические нейробелки и пептиды. Они будут специфичны даже для отдельных участков ЦНС и для разных особей, а также для одного и того же животного в разных функциональных состояниях. С помощью этих антител можно «выключать» те или иные мышцы, определённое поле зрения, настроения и эмоции.
Внутрицентральное введение антител против определённых мозговых структур вызывает в них пароксизмальную активность: в коре, в хвостатом ядре, наружном коленчатом теле, гиппокампе, таламусе. Через какое-то время (24—32 ч) эпилептиформная активность появляется и в контралатеральном полушарии. Этот «генератор патологически усиленного возбуждения» может функционировать дольше месяца.