В связи с этим была введена система «изолирования ученых» от внешнего мира и другие мероприятия: полицейские расследования, перекрестные допросы и анкеты для проверки благонадежности всей предыдущей частной и политической деятельности любого сотрудника. Каждый член коллектива был объектом тщательного наблюдения, продуманного до мельчайших деталей. Любой житель секретных городов мог получать и отправлять корреспонденцию только через процедуру проверки ее содержания. Если какое-нибудь место в письме не нравилось цензору, то он возвращал его отправителю для переделки. Телефонные разговоры регулярно подслушивались, а прислуга в местных отелях использовалась в качестве агентов контрразведки. Кроме того, была организована специальная слежка за теми, кто по политическим или другим соображениям не считался благонадежным. В служебных помещениях и в частных квартирах подозреваемых были установлены замаскированные микрофоны для записи их разговоров.
Требования контрразведки как бы превращали даже самого верного супруга, работающего в лаборатории в "блудливого мужа". На вопросы своей жены, постоянно твердящего ей, как ловелас, неизвестно, где проведший ночь: «Если хочешь жить спокойно, ты не должна задавать мне никаких вопросов, связанных с моей работой». Но некоторые ученые не мирились со стеной секретности, отделявшей их от близких и родных. Перед женами, посвященными в тайну, стояла другая трудная задача — вести себя в обществе жен таких же физиков, подчинявшихся тому же правилу, как будто все они ничего не подозревают.
Никто из руководителей проекта не заподозрил, что, несмотря на высочайшую степень секретности Лос-Аламосской лаборатории, в его коллектив внедрились и работали агенты советской разведки, одним из которых являлся немецкий коммунист, физик-атомщик Клаус Фукс. Он был рекомендован Пайелрсом, как его ученик, для работы в Манхэттенском проекте. Среди ученых Лос-Аламоса у Оппенгеймера был антипод — Эдвард Теллер. Их вынужденное сотрудничество и плохо скрываемая вражда вызывали частые конфликтные ситуации. Оппенгеймера считали сочувствующим коммунистам, а Эдвард был его идеологическим противником, оба предельно амбициозны, но Теллер как физик превзошел Оппенгеймера. Эдвард возглавлял теоретиков проекта, но усиливающийся конфликт с оппонентом привел к отстранению его от работы. Оппенгеймер в пожарном порядке искал замену и когда Пайелрс предложил Фукса, он обрадовался и сразу утвердил его на должность.
В инженерной группе, занимающейся разработкой конструкции атомной бомбы, внедрились и действовали советские агенты Дэвид Грингласс, физик-экспериментатор Артур Филдинг и самый молодой ученый-вундеркинд Ричард Фейнман. Связь с резидентурой осуществляли агенты Гарри Голд, супруги Коэны и Розенберги, работник советского консульства в Сан-Франциско Курнаков. Незадолго до окончания строительства главной лаборатории в Лос-Аламосе в ближайшем от него городке Санта-Фе открылась богатая аптека, через которую осуществлялось прикрытие деятельности агентов и связников. А в посольство СССР прибыл новый секретарь Зубилин с супругой Лизой. Оппенгеймер еще не подозревал, что уже фигурировал в советских оперативных источниках информации под псевдонимами "Директор резервации", "Вексель", "Эренс", "Стар".