В Шотландию Нокс вернулся в мае 1559 года, когда протестантское движение было уже близко к победе. Он снова призывал в своих проповедях к последней битве. Королева-регент все еще боролась за то, чтобы сохранить Шотландию католической ради своей дочери Марии. В тот момент, когда она попыталась запретить протестантских проповедников, Нокс прибыл в Перт. Для него изображения и статуи в католических церквях не были просто невинным заблуждением. В них он видел богохульство, оскорбление Бога, очередное доказательство того, что католицизм служил Зверю. В своем одержимом стремлении уничтожить идолов, Нокс напоминает Пророка Мухаммада, и объяснения их были одинаковыми. Идолы провоцировали ревность единственно истинного Бога, запретившего в своей второй заповеди поклоняться им.
Проповедь Нокса привела к восстанию. Бунтующие срывали иконы в церквях, разрушали алтари, опрокидывали статуи. Так началась разрушительная вакханалия, после которой в Шотландии практически не осталось памятников, созданных в течение долгого периода ее католической истории. Протестантское богослужение совершалось в простых белых зданиях без изображений, которые могли бы помешать слушать Слово Божье через Библию, единственный источник, которому там все еще доверяли.
Казалось, война между католиками и протестантами в Шотландии только набирает обороты, но неожиданно она завершилась. Королева-регент умерла, знать же решила пойти на перемирие. Шотландия станет полностью протестантской, как того хотел Нокс, но взамен Мария, дочь королевы-регента, вернется в качестве королевы и сохранит свою католическую веру. Она сможет участвовать в мессах частным образом, а на публике будет править шотландцами как протестантским народом. Таков был предложенный политический компромисс. Однако Нокс компромиссов не любил. Будучи уже пастором в Соборе Святого Эгидия, что в нескольких километрах от Холирудского дворца, он не был готов согласиться с тем, чтобы католичка Мария вернулась и стала шотландской королевой. Поэтому и стоял под ее окном ночью после ее возвращения, распевая псалмы и угрожая.
Однако для них обоих это был конец. Нокс продолжал произносить проповеди, направленные против предложенного ему знатью и шотландской королевой Марией компромисса. Он боялся, что она найдет способ протащить папского Зверя в чистый храм шотландского протестантизма. А молодая королева, находившая утешение в католических обрядах, была обескуражена ненавистью этого человека, неустанно проклинавшего ее. На примере противостояния Джона Нокса и королевы Марии хорошо видно, как религия может довести до конфликта в общем добрых и благожелательных людей. Ведь и Нокс был отнюдь не злым человеком. Он также всего лишь болел за свою религию. Все ему виделось либо в белом, либо в черном цвете – полутонов для него не существовало. Компромисс был невозможен. Na middis!