Для ежедневного совершения богослужений святитель Феофан устроил себе маленький храм. Вместо иконостаса была простая занавеска из дешёвой материи, отделявшая алтарь от остальной части церкви. В свою келью, кроме келейника, духовника и настоятеля обители, он никого не впускал.
Именно в те годы святитель Феофан осуществил перевод «Добротолюбия» на русский язык. Труд был начат в 1866 году на праздник Воздвижения Креста Господня и продолжался 23 года. Общий объем русского «Добротолюбия» составил около 3 тысяч страниц в 5 томах. Славянское «Добротолюбие» преподобного Паисия, а позднее русское «Добротолюбие» святителя Феофана, выдержавшие несколько изданий, стали настольными книгами русских подвижников XIX-XX веков (а теперь уже и нашего XXI века) и послужили духовному просвещению православных людей.
Кроме составления «Добротолюбия» святитель Феофан написал в затворе много других душеполезных книг, которые вместе с письмами принесли ему заслуженную всемирную славу. Наряду со святителем Игнатием (Брянчаниновым) он является величайшим духовным писателем Русской Православной Церкви и по количеству им написанного, и по глубине духовного содержания этих трудов. Назовём наиболее важные из них: «Путь ко спасению»; «Письма о христианской жизни»; «Письма к различным лицам о разных предметах веры и жизни»; «Что есть духовная жизнь и как на неё настроиться»; 9 книг «Толкований на послания Святого апостола Павла»; несколько изданий сборников проповедей. Издано несколько томов писем, собранных уже после кончины святителя.
Особенно следует отметить книгу «Невидимая брань», которая первоначально была написана католическим монахом-священником Лоренцо Скуполи и впервые анонимно издана в Венеции в 1589 году под названием «Брань духовная».
Эта книга была переведена на греческий язык и отредактирована преподобным Никодимом Святогорцем (составителем греческого «Добротолюбия»), который внёс в текст довольно большое число изменений и дополнений, призванных адаптировать «Брань духовную» для православного восприятия и, что наиболее важно, сделать книгу соответствующей православному нравственно-аскетическому учению.
А святитель Феофан перевёл «Невидимую брань» преподобного Никодима на русский язык, внеся в неё значительные по объёму улучшения, так что «Невидимую брань» святителя Феофана Затворника смело можно назвать не переводом, а переработкой книги преподобного Никодима.
Однако, вернёмся к житию святителя Феофана в затворе. Узнав о духовном архипастыре-подвижнике, многие люди стали письменно обращаться к нему за советами, и святитель Феофан никому не отказывал в духовном наставлении. Ежедневно он писал около сорока ответных писем. В них он одних утешал, других наставлял, иным отвечал на те или иные вопросы христианской жизни, предостерегал от разного рода заблуждений и увлечений.