Всю свою архиерейскую пенсию святитель Феофан рассылал по почте бедным родственникам и другим людям, оставляя себе лишь немногое на необходимые потребности. О милости он писал: «Не говори требующему помощи: приди завтра; сделай для него, что можешь. И просить себя долго не заставляй».
Кроме писания книг и ответов на письма, святитель Феофан затворе занимался ещё разного рода рукоделиями. «Нельзя всё духовным заниматься — писал он, — надо какое-либо нехлопотливое рукоделие иметь. Только браться за него надо, когда душа утомлена, и ни читать, ни думать, ни Богу молиться не способна».
Но, сам пребывая в затворе, святитель учил, что главное — не внешнее удаление от людей, а внутреннее единение с Богом в молитве. «Когда молитва твоя до того укрепится, что всё время будет держаться у тебя в сердце пред Богом в благоговении, не выходить из него, и ничем другим заняться не захочет — этого затвора ищи, а о том не хлопочи. Можно и при затворённых дверях по миру шататься, или целый мир напустить в свою комнату», — писал он, имея в виду блуждание человеческих помыслов.
Он не был врагом мирской жизни и благословлял труды людей над её улучшением. «Не подумал бы кто, — говорит он в одной из своих проповедей, — что мы восстаём против всякого усовершенствования и всякого изменения к лучшему. О, нет! Бог благословит всякое доброе улучшение; да благословит и труды тех, которые посвящают себя на это! Мы хотим только сказать, что истинною мерою благотворности улучшений должна быть сообразность их с духом веры, и что всё, охлаждающее к вере и отчуждающее от церкви, всё, заставляющее нарушать уставы её и требующее перемены в них, всё, приводящее к забвению Божественного устроения вещей, не должно считаться признаком и плодом истинного усовершенствования и преуспеяния (прогрессом), а наоборот, возвращением назад (регрессом), нисхождением и пагубою».
Святитель Феофан был глубоко убеждён, что «жизнь не имела бы никакой цены, если бы не было бессмертия, а при этом, несмотря на её краткость, значение её неизмеримо, как вечность».
Свою смерть святитель Феофан встретил спокойно, так же, как и ожидал её. Она пришла к нему в самый день праздника Крещения Господня, в 1894 году. Утром святитель совершил по обычаю Божественную литургию, а днём мирно и тихо почил навеки, причём глаза его были закрыты, левая рука покойно лежала на груди, а правая сложена была как бы для благословения.