Борджиа были выходцами из Испании и принадлежали к Валенсийскому дворянскому роду Борха. В Италии их фамилия транскрибировалась как Борджиа.
Испанский род Борха ведет свою историю с XII века. Имя роду дало название деревни, отвоеванной у арабов в 1120 году и подаренной их предку графу Педро де Атаресу, незаконнорожденному сыну короля Арагонского – дона Рамиро Санчеса. На родовом гербе де Борха был изображен красный бык на белом щите. Сначала де Борха жили неподалеку от Сарагосы, а после освобождения Валенсии от мавров в 1238 году король Арагонский Хайме I Завоеватель поделил завоеванные земли между своими рыцарями. Среди этих рыцарей был Эстебан де Борха и восемь его родственников. С тех пор де Борха обосновались в городке Хатива. К XIV веку род разделился на две ветви. Старшая ветвь, покинув завоеванные земли, ушла на территорию Неаполитанского королевства, младшая ветвь осталась в Испании и являлась одним из самых знатных семейств Арагона.
У Хуана Доминго де Борха де Каналье и его супруги доньи Франсиски Мартин де Борха кроме прекрасного дома в аристократическом квартале Хативы было укрепленное поместье Ла Торрета. В нем 31 декабря 1378 года и родился их сын Алонсо (Альфонсо) де Борха. Его рождение совпало с началом раскола римской католической церкви. Папский престол вернулся в Авиньон, а кардиналы, недовольные политикой папы Урбана VI, избрали другого – Роберта Женевского, принявшего имя Клиента VII. С того момента Рим и Авиньон стали оспаривать друг у друга право власти.
Так случилось, что в Хативе выступал с проповедями один из сторонников Бенедикта XIII, который обратил внимание на мальчика Алонсо, слушавшего проповеди с особым воодушевлением. Он предсказал Алонсо большое будущее на церковном поприще. Родители, вняв предсказанию святого отца, отправили сына учиться в Лериду.
Путь Алонсо Борха к престолу Св. Петра был сплошной цепью предательств. После обучения в университете в Лериде Алонсо становится «доктором одного и другого права». Авиньонский папа Бенедикт XIII назначает Алонсо де Борха каноником церкви Леридского собора. Образованный и преданный папе юрист постоянно оказывает ему ценные услуги, а затем принимает самое деятельное участие в низложении своего благодетеля. В награду Борха получает епископство в прибыльной Валенсийской епархии. Стараниями Алонсо был возведен на престол король Арагонский Фердинанд I. Альфонс V, наследник Фердинанда I, возлагает на Алонсо ответственное поручение – потребовать отречения антипапы Климента VIII, с чем Алонсо успешно справляется. Наградой ему стало назначение канцлером арагонского короля. Он занимается не только внутренними делами Испании. С его помощью между Альфонсом V и римским папой Евгением IV был заключен договор, согласно которому Испания признает Евгения IV единственно законным папой, а Альфонс V получает инвеституру неаполитанского королевства. Ловкий посредник Алонсо, епископ Валенсийский, 2 мая 1444 года становится кардиналом и поселяется в кардинальском дворце в Риме. С этих пор он зовется на итальянский манер – Борджиа.