Десятого января 2000 года Ястржембский был освобожден от должности заместителя председателя правительства Москвы и назначен 21 января помощником по информационно-аналитической работе исполняющего обязанности президента РФ Владимира Путина. По некоторой информации, его «выдавили» из мэрии люди из окружения Лужкова, назначив одним из виновных в провале ОВР на выборах. Возвращению Ястржембского в Кремль способствовали, как говорят, его давние связи с Чубайсом и Валентином Юмашевым. В ведении Ястржембского была деятельность федеральных органов исполнительной власти, принимающих участие в проведении контртеррористических операций на территории Северокавказского региона, а также взаимодействие со средствами массой информации.
В конце марта 2001 г. президент РФ В.В. Путин своим указом об образовании Информационного управления президента назначил Сергея Ястржембского руководителем данного управления. Формально во главе управления стоит Игорь Поршнев, возглавлявший до этого службу оперативной политической информации «Интерфакса», однако фактическим руководителем является Ястржембский. За два года существования Информуправления он успел развернуть сразу несколько информационных проектов. Помимо оставшейся в его ведении Чечни Ястржембский выдвинул идею изменения имиджа России на международной арене. Вместе с министром печати Михаилом Лесиным они собирались формировать качественно иной облик России за счет социальной рекламы и продвижения российских достижений через объединенную систему специальных организаций. О реализации этой идеи, правда, до сих пор ничего не слышно. Еще одной информационной площадкой для Ястржембского стал подъем подводной лодки «Курск». Именно его инициативой считается создание в Мурманске пресс-центра для работы журналистов, освещающих операцию. В августе Ястржембский занимался информационным обеспечением военных учений на Каспийском море, организованным по распоряжению Владимира Путина после Каспийского саммита в Ашхабаде. А после обострения отношений с Грузией и вылазок боевиков из Панкисского ущелья на территорию России основной для Ястржембского стала «грузинская» тематика. Следует сказать, что это, пожалуй, единственная из отданных Ястржембскому тем, связанная с внешней политикой.
В современной политике России, в прошлом и в настоящем, на различных государственных постах Сергей Ястржембский привносит значительный вклад в развитие и укрепление нашего государства.
Сергей Ястржембский владеет английским, португальским, французским и словацким языками; женат, имеет двоих сыновей; увлекается теннисом, библиофил, филателист, обладатель коллекции марок – портретов политических деятелей ХХ века. Одним из увлечений Ястржембского является конкур. Он даже участвует в соревнованиях в качестве всадника. Любовь к конкуру объясняет так: «Это замечательные животные, умные, тонкие. И для того чтобы овладеть хотя бы основами мастерства конкура, надо очень многому научиться, и, прежде всего, понимать своего партнера – лошадь. Они все разные. Каждая со своим характером, норовом, психологическими особенностями. Поэтому всадник должен быть немного психологом, уметь контролировать свои нервы.»