Завершая свое исследование в работе «Тотем и табу», Фрейд попытался глубже понять истоки возникновения религии и с этой целью изложил свои соображения по проблеме инфантильного возвращения тотема. Он рассмотрел существовавшие в то время теории происхождения тотемизма – номиналистическую (по наименованию), социологическую, психологическую. Основываясь на психоаналитических исследованиях фобий детей, включая собственный случай маленького Ганса и клинические случаи, представленные Абрахамом (ребенок, испытывавший страх перед осой) и Ференци («маленький петушатник» Арпад воспроизводящий в своем поведении манеры кур и петуха), Фрейд высказал предположение, согласно которому в фобиях животных у детей вновь повторяются некоторые черты тотемизма, а тотемистическая система произошла из условий комплекса Эдипа. Опираясь на представления Ч. Дарвина о первобытной орде, Р. Смита о происхождении жертвенных трапез и Дж. Аткинсона о циклопической семье, он предложил психоаналитическую гипотезу, объясняющую начало возникновения религии и культуры.
В соответствии с этой гипотезой, в первобытной орде управлял жестокий праотец, обладавший единоличной властью над детьми и женщинами, насильственно подавлявший все попытки его сыновей вмешаться в его управление или изгонявший их из орды. Однажды изгнанные братья объединились между собой, убили и съели своего отца, положив тем самым конец отцовской орде. Ранее они завидовали и боялись праотца. Они находились во власти тех же амбивалентных чувств, которые наблюдаются у современных детей и у невротиков, то есть одновременно ненавидели и любили отца. Теперь же в акте поедания они как бы отождествились с ним и присвоили себе часть его силы. Но, утолив свою ненависть и отождествившись с ним, братья оказались во власти нежных чувств, что породило раскаяние и сознание вины. Они попали в такую психологическую ситуацию, когда под воздействием нежных чувств сами наложили запрет на то, чего так усиленно добивались раньше. В результате осуществления психологического сдвига сыновья на место отца поставили тотем, объявили недопустимым убийство этого тотема как заместителя отца и отказались от освободившихся женщин. Так из сознания вины сына перед отцом были созданы два основных табу тотемизма: запрет на убийство животного-тотема и запрещение инцеста. Последнее имело важное практическое значение, поскольку способствовало сохранению человеческой организации. Первое сопровождалось попыткой создания религии.
Исходя из психоаналитического понимания возникновения тотемизма, Фрейд представил следующую картину становления религиозного верования. К религиозно обоснованному запрещению убивать тотем присоединяется социально обоснованное запрещение убивать брата, что со временем перерастает в заповедь «Не убий». Каждый создает бога по образу своего отца, и бог является нечем иным, как «превознесенным отцом». Тотем был первой формой замены отца, бог – позднейшей, где отец снова приобрел человеческий образ. В дальнейшем развитии религии сохраняется амбивалентность, находящая свое отражение в том, что наряду с сознанием вины сына продолжает существовать сыновнее сопротивление, стремление сына занять место бога-отца. В христианском учении человечество признается в преступном деянии доисторического времени, поскольку искупление его нашло свое отражение в жертвенной смерти сына. Наряду с отцом, сын стал богом, а потом и заменил его, в результате чего «религия сына» сменила «религию отца». Древняя тотемистическая трапеза ожила как причастие, в котором братья вкушают плоть и кровь сына, а не отца.