Выдвинутые Фрейдом представления об истоках возникновения религии вызвали критическое отношение не только у представителей официальной церкви, но и у ряда его последователей, первоначально разделявших взгляды основателя психоанализа, но впоследствии разошедшихся с ним по идейным соображениям, включая те, согласно которым он не понял природу религиозных верований. Среди различного рода аргументов выдвигались соображения о неприемлемости слишком широких обобщений, к которым прибегнул Фрейд в работе «Тотем и табу».
Фрейд не скрывал того, что им были сделаны широкие обобщения. Более того, в конце своей работы он заметил, что чувствует некоторую неуверенность в своих исходных положениях и неудовлетворенность от достигнутых результатов. Однако без подобной смелости в выдвижении гипотез, с которыми выступают исследователи, включая Фрейда, вряд ли возможен прогресс в наших знаниях.
Неправдоподобной, шокирующей, а возможно, наивной может выглядеть реконструкция Фрейдом истории отцеубийства со всеми вытекающими отсюда последствиями, в том числе возникновения религии на основе осознанного сыновьями чувства вины за совершенное ими реальное преступление. Ведь данные психоанализа свидетельствуют о том, что для невротиков определяющее значение имеет скорее психическая реальность, нежели те действительные события, которые вовсе не обязательно могут происходить в жизни человека. В свое время, то есть в период становления психоанализа, Фрейд это осознал и на этом основании отказался от первоначально выдвинутой им гипотезы о совращении ребенка. Поэтому, по аналогии с невротиками, к которой он прибегнул при рассмотрении истории развития человечества и возникновения религии, можно было бы исторически сохранившуюся правду, по-своему воспроизводимую в исследованиях Ч. Дарвина, Р. Смита и Дж. Аткинсона, принять за вымысел. Или, по крайней мере, можно было бы рассматривать те мысли и чувства, которые могли быть у примитивных людей на заре становления человечества, как не воплощенные в реальность. Правда, при этом не менялась бы общая картина психоаналитического возникновения религии, поскольку, по аналогии с невротиком, наличия враждебных импульсов сыновей по отношению к праотцу и их фантазий о его убийстве вполне достаточно для того, чтобы из бессознательного чувства вины вывести возникновение тотема и табу. Зато можно было бы избежать упреков по поводу того, что основателем психоанализа выдвинута нереальная и этически оскорбляющая достоинство человека гипотеза об отцеубийстве, имевшем место в далеком прошлом человечества.