К утру жители Харперс-Ферри и окрестностей оправились от паники и стали собираться вокруг арсенала. Завязался отчаянный бой. Все люди Брауна, находившиеся на реке и в оружейном заводе, вскоре были перебиты или захвачены. После полудня он собрал остатки своего отряда в машинном здании, около ворот арсенала, и еще несколько часов отбивался от окружавшей его со всех сторон массы вооруженных людей. Когда к вечеру того же дня на место побоища прибыл из Вашингтона с ротой солдат полковник Ли (будущий полководец южан), из товарищей Джона Брауна оставалось только шесть человек, из которых двое были ранены, и сам он истекал кровью. Два сына его уже лежали мертвые рядом с ним.
Из той горсти людей, с которыми Джон Браун задумал начать освобождение рабовладельческого Юга, погибли в борьбе и на виселице семнадцать человек; из них шесть человек были членами его семьи.
Израненный, еле живой старик со своими уцелевшими сподвижниками был немедленно перевезен в тюрьму Чарльстона, где производилось следствие и суд. Дело тянулось до конца ноября; и в течение шести недель его заключения этот уже умирающий человек не прекращал свою устную и письменную проповедь против рабства. Приводим выдержку из его последнего, весьма характерного письма к известному в Америке пастору и педагогу Гемфри, которое было напечатано еще до смерти Брауна и завоевало ему всеобщее сочувствие и уважение в Штатах, окружив его казнь ореолом мученичества. “Дорогой друг, передо мною твое доброе письмо. Сколько мне известно, я первый человек из всего нашего рода, начиная со времен Петра Брауна, который посажен в тюрьму и приговорен к виселице. Но, дорогой друг, это не должно огорчать тебя. Ты помнишь, где погиб наш дед в 1776 году, и, если б обстоятельства изменились, ему тоже грозил бы эшафот. Может быть, и нет причин радоваться предстоящему мне концу, но я не боюсь его... я не испытываю никаких страданий или унижения и нисколько не стыжусь моих цепей и предстоящей смерти... Мне было бы шестьдесят лет в будущем мае. Я вполне насладился жизнью и был чрезвычайно счастлив, так как привык смотреть на благополучие других как на мое собственное... во всю свою жизнь я пользовался замечательным здоровьем и до сих пор обхожусь без очков... И теперь, когда мне приходит мысль, как легко я мог бы испортить то, что уже сделано мною в пользу свободы человека, я не осмеливаюсь желать продления моей жизни...”
Позорная казнь, предстоявшая человеку, добродетели которого вызывали только удивление, возбудила самые горячие чувства жалости в свободных штатах республики. Везде собирались митинги, подавались петиции, во всех газетах печатались статьи, взывавшие к чувству милосердия судей Джона Брауна. Но виргинские рабовладельцы остались непреклонны, и посягнувший на их благополучие человек был осужден на виселицу.