Верхняя палуба имела значительное возвышение к форштевню. В большей части она выполнялась из броневой стали, а сверху покрывалась толстой обшивкой из тиковых брусьев (на полубаке — 8,5 см, в остальных частях — 5,5 см).
В соответствии с тактическими рекомендациями тяжелые крейсера получили башенноподобную многоуровневую переднюю надстройку, очень сильно напоминавшую аналогичные „сооружения“ на строившихся германских линкорах (типов „Шарнхорст“ и „Бисмарк“). В совокупности с одинаковой формой корпуса и единственной массивной дымовой трубой „хипперы“ имели очень похожий внешний вид и удачно „маскировались“ под более мощные боевые единицы, что по мнению Редера и других адмиралов Кригсмарине могло сбить с толку противника. И действительно, в начальные моменты боя в Датском проливе 24 мая 1941 года английские наблюдатели на „Худе“ спутали „Ойгена“ с „Бисмарком“; адмирал Холланд приказал сосредоточить огонь на головном крейсере, что в той или иной степени сказалось на трагическом для него исходе сражения.
В нижней надстройке, простиравшейся от 1-го до 4-го барбета, львиная доля пространства приходилась на все те же дымоходы, а также ангары и вспомогательные помещения для авиаоборудования. Оставались две зоны: спереди, где находился медицинский блок, и сзади, где шли каюты командного состава. Еще далее в корму, сразу за барбетом кормовой возвышенной башни, помешалась обширная кают-компания, где одновременно могли обедать до 60 офицеров. Медчасть крейсера имела хорошее оборудование и включала специальные помещения для операционной и рентгеновского кабинета.
Второй уровень надстройки в корме целиком выделялся „святая святых“ — блоку помещений командира корабля. Там имелись кабинет, спальня и ванная, практически идентичные адмиральским помещениям, расположенным в той же надстройке по правому борту. В блок адмиральских помещений кроме того входила еще и большая приемная, использовавшаяся в качестве зала для важных совещаний. Аналогичный уровень носовой надстройки использовался для кают командного состава корабля. В этом отношении немцы отступили от многовековой морской традиции, в соответствии с которой весь командный состав сосредотачивался в корме. (Для этого на „хипперах“ просто не было места.)
Нижний уровень носовой надстройки включал каюты для вахтенных офицеров, а также первого и второго штурманов, присутствие которых в рубке могло оказаться нужным в любую минуту. Им не приходилось далеко бежать по тревоге — штурманская рубка примыкала к обеим каютам. Над этой рубкой находился пост гидроакустики и боевой информационный центр (БИЦ). Еще выше размещался рулевой мостик, представлявший собой большую открытую платформу с ветровым щитом в носовой части. С обоих бортов платформа оборудовалась еще одной характерной особенностью больших кораблей Германии — узкими и длинными раскладными крыльями, значительно увеличивающими обзор и использовавшимися при маневрировании в стесненных условиях, обычно в портах и на подходах к ним. В открытом море и в бою крылья, представлявшие собой хрупкие конструкции, складывались.