Работники наркомата не только трудились на дипломатическом поприще. Многие из них приняли участие непосредственно в боевых действиях. 62 человека ушли в московское ополчение. Имена 71 сотрудника, павшего в боях, значатся на мемориальной доске в здании МИД России. На денежные отчисления сотрудников советских посольств была сформирована и отправлена на фронт танковая колонна.
С приходом в НКИД В.М.Молотова (1939 г.) и в ходе войны (1941 г., 1944 г.) структура наркомата подвергалась реорганизациям, главное содержание которых состояло в переформировании европейских территориальных отделов так, чтобы в зависимости от конкретных обстоятельств по составу курируемых стран они отвечали политической реальности и целесообразности.
В 1941 г. были введены дипломатические ранги чрезвычайного и полномочного посла и чрезвычайного и полномочного посланника, а в 1943 г. – ранги для других дипсотрудников. Также в 1943 г. была утверждена дипломатическая форма для сотрудников НКИД и его загранучреждений (отменена в 1954 г.).
Решающий вклад нашей страны в разгром фашистской Германии и ее союзников способствовал укреплению международного престижа СССР. В этой связи значительно возросло количество стран, с которыми СоветскийСоюз установил дипломатические отношения - с 28 в 1941 г. до 41 в мае 1945 г.).
В марте 1946 г. название внешнеполитического ведомства было заменено на Министерство иностранных дел СССР. Послевоенная организация Германии, создание ООН, выход на международную арену национально-освободительного движения нашли отражение в структуре и задачах деятельности МИД СССР. С 1953 г. началось укрупнение европейских отделов. Новым моментом стало расширение подразделений МИД, занимающихся вопросами Северной и Южной Америки, Ближнего Востока, Юго-Восточной Азии, Африки и Дальнего Востока.
Сложившаяся к середине 50-х годов новая структура МИД отвечала тому состоянию международных отношений, которое существовало в то время и последующиегоды. Она сохранялась без существенных изменений в течение 30 лет - до 1986 г. Министром иностранных дел СССРс февраля 1957 г.по июль 1985 г., т.е. 28 лет являлся видный советский дипломат А.А. Громыко.
Приоритетным направлением внешнеполитической деятельности советской дипломатии в тот период стали борьба за мир, международнуюразрядку и разоружение. Много делалось для упрочения авторитета ООН как универсального инструмента, призванного регулировать международные отношения.
Однако биполярный характер установившейся мировой системы приводил к кризисным ситуациям (корейская война, венгерские события 1956 г., карибский кризис 1962 г., война во Вьетнаме, чехословацкий кризис 1968 г., ввод советских войск в Афганистан и др.).