В первых же последовавших после нападения на СССР директивах Гитлера и других руководителей III Рейха говорится о полном исключении доступа заграничных священников на территорию оккупированных восточных областей и содержится фактический запрет расширения Германской епархии РПЦЗ на восток.
Существенные изменения произошли и в практической деятельности русского духовенства На территории III Рейха оказалось несколько миллионов соотечественников – восточных рабочих (остарбайтеров) и военнопленных (об этом будет подробно рассказано далее) Несмотря на жесткие запреты, священники стремились вести с ними духовную работу Также РПЦЗ старалась всеми возможными способами, часто полулегально, оказывать помощь в возрождении Церкви в оккупированных восточных районах.
Известие о начале войны с СССР вызвало противоречивые чувства у представителей русской эмиграции в Германии Многие из них надеялись, что победа над советской властью даст свободу Церкви после долгих лет преследований и гонений, а сами изгнанники смогут вернуться на Родину Этим настроением проникнуто послание архиепископа Берлинского и Германского Серафима от 22 июня 1941 г. Архимандрит Иоанн (Шаховской) опубликовал в берлинской газете «Новое слово» статью «Близок час», в которой отразил настроения своей паствы: «Человеконенавистническая доктрина Маркса, вошедшая в мир войной, – войной исходит. «Я тебя породила, я тебя и убью», – кричит сейчас война большевизму До каких дней желанных – и подсоветской, и зарубежной – России довелось дожить. Не сегодня-завтра откроются пути свободной жизни, свободного исповедования веры Христовой, свободных слов о Боге. Промысел избавляет русских людей от новой гражданской войны, призывая иноземную силу исполнить свое предназначение. Сверх человеческого действует меч Господень».
Упорное стремление русской эмиграции вернуться на родину и участвовать в ее религиозном возрождении осталось неосуществленным Перед самым началом войны – 18 июня 1941 г – начальник гестапо Мюллер разослал во все отделения государственной полиции указ о препятствии самовольному возвращению эмигрантов – выходцев с великорусской территории из Рейха на Восток За самовольное оставление работы и места проживания предусматривался арест.
Вскоре после нападения на СССР местные германские власти, склонные видеть теперь во всех русских врагов, начали ущемлять и церковную деятельность Например, в Лейпциге в 1941 г эмигрантам было запрещено встречаться в Доме искусства, русским отказывалось в собраниях любого рода Богослужения продолжались, но среди молящихся неизменно стал присутствовать представитель гестапо Над русскими храмами в Лейпциге и Дрездене вообще нависла угроза полного закрытия. Желая спасти их и ощущая недостаточность собственного влияния на имперского наместника, Министерство церковных дел обратилось за поддержкой в МИД Германии. В письме государственному секретарю фон Вейцзекеру от 31 октября 1941 г в качестве главного аргумента против закрытия церквей выдвигались возможные неблагоприятные внешнеполитические последствия Обращалось внимание на наличие в приходах этих церквей румын и болгар, чьи правительства в тот момент поддерживали немцев Расчет Министерства церковных дел оказался правильным – встревоженные чиновники МИД полностью поддержали его позицию и подготовили свое обращение к имперскому наместнику: «Возможное принятие мер против вышеуказанных церковных приходов может очень быстро стать известным за рубежом и, в свою очередь, оказать неблагоприятное воздействие на наши отношения с национальными Православными Церквами, к которым мы имеем внешнеполитический интерес» Это письмо было отправлено в Дрезден 8 ноября 1941 г, а уже 18 ноября в МИД пришло сообщение из РКМ о том, что приходы закрываться не будут В то же время были переизбраны приходские советы этих церквей при участии и по согласованию с гестапо.