Под запретом немецких властей оказались почти все благотворительные мероприятия русской церковной эмиграции, направленные на помощь соотечественникам в оккупированных восточных районах Например, сестричество св княгини Ольги при Владимирской церкви Берлина собрало огромное количество гуманитарных грузов, которые были упакованы в 110 больших ящиков, и собиралось закупить продовольствие на собранные 23 тысячи марок Но груз так и не был отправлен Настоятель Владимирской церкви архимандрит Иоанн был допрошен в гестапо о целях акции, после чего все собранное было конфисковано.
В то же время Министерство церковных дел по-прежнему стремилось оказывать своеобразное покровительство епархии РПЦЗ Даже в условиях начавшейся войны с СССР 31 марта 1942 г министерство выделило 3000 марок на реставрацию русской церкви в Висбадене При этом РКМ по-прежнему считало, что все православные приходы, находящиеся под контролем III Рейха, должны войти в состав РПЦЗ Чаще всего присоединения приходов, продолжавшиеся до начала 1942 г, происходили по инициативе самих приходов Так, глава православной епархии Богемии и Моравии епископ Горазд (Павлик) 28 мая 1941 г. обратился к архиепископу Серафиму (Ляде) с прошением принять его епархию под опеку, заботу и защиту как в церковном, так и в государственно-политическом отношении Епархия состояла из 20 крупных приходов с общим числом верующих около 25 тысяч человек и до тех пор находилась в юрисдикции Сербской Церкви. Окончательное решение этого вопроса состоялось через два с половиной месяца в Праге, о чем РКМ 21 ноября известило МИД Владыка Горазд несколько раз приезжал в Берлин, служил в местном русском соборе и даже участвовал 13 июня 1942 г. в хиротонии епископа Потсдамского Филиппа. В свою очередь архиепископ Серафим посылал в Моравскую епархию святое миро, анпиминсы и все необходимое для богослужений.
В это же время формально включились в состав Германской епархии РПЦЗ православные приходы Словакии: десять приходов Мукачевской епархии, русский монастырь преп Иова Почаевского в Ладомировой и две церковные общины юрисдикции митрополита Евлогия в Братиславе и Нитре.
Два прихода митрополита Евлогия на территории протектората Богемии и Моравии (в Праге и Брно) были присоединены административно к Германской епархии уже в ноябре 1939 г, канонически оставаясь в подчинении митрополиту Евлогию Аналогичная ситуация сложилась и в Бельгии после ее оккупации.
Кроме православных бельгийских и чехословацих приходов в Германскую епархию еще до начала войны с СССР вошли девять русских и семь украинских общин на бывшей территории Польши, три прихода в Судетском округе, приход в Люксембурге, две общины в Лотарингии и два прихода в Вене. Таким образом, в конце 1941 г. Германская епархия РПЦЗ состояла из 77 приходов и одного монастыря. Все эти преобразования получили благословение и одобрение руководства Зарубежной Церкви.