Проходившее 29–31 января 1942 г. в Берлине епархиальное собрание стало важным этапом в истории Германской епархии В его работе участвовали представители 37 крупнейших приходов, в том числе почти всех из 13 евлогианских Председатель собрания архиепископ Серафим в своем докладе отметил: «Со стороны Рейхсминистерства церковных дел было проделано все возможное для того, чтобы укрепить нашу епархию как внутренне, так и внешне, а также чтобы обеспечить ее прочность Многократно нам оказывалась материальная помощь, к примеру, нам предоставили большую сумму на работы по ремонту храмов».
Заметную роль в работе собрания играл благочинный приходов Западно-Европейского экзархата юрисдикции Патриарха Вселенского в Германии архимандрит Иоанн (Шаховской) Он предложил организовать комитет по сбору богослужебных принадлежностей для приходов на освобожденных восточных территориях В своем докладе «Забота о спасении душ в наше время» о Иоанн указывал на сложности религиозной работы с военнопленными Все выступавшие священнослужители также говорили о препятствиях, чинимых властями по работе в концентрационных лагерях Особенно неблагоприятная ситуация сложилась в Вартегау, избранном руководством НСДАП в качестве «испытательного полигона» для опробования антицерковной политики по отношению ко всем христианским конфессиям.
Характерной чертой собрания являлся подлинно пастырский подход Это было особенно заметно при обсуждении возрождения религиозной жизни на оккупированных территориях Было предложено создать особый миссионерский комитет, организовать религиозно-философские кружки для подготовки пропагандистов, наладить печатание молитвословов, изготовление нательных крестиков и всего потребного для православной миссии Много внимания было уделено обсуждению украинской проблемы Предлагалось создать отдельное благочиние, в которое войдут все украинские приходы, и вести в них работу с учетом национальных и обрядовых особенностей православных украинцев.
Важнейшими документами, принятыми собранием, являются решение «обратиться в соответствующие органы с ходатайством об организации Средне-Европейского митрополичьего округа и назначении архиепископа Серафима его главой», а также резолюция № 3: «Архиерейскому Совету православной епархии Германии поручается безотлагательно организовать епархиальный миссионерский комитет, в обязанности которого будут входить (следующие задачи): издание религиозной литературы, в особенности апологетического (защищающего вероучение) содержания, и распространение ее среди населения освобожденных от советской власти районов; изготовление нательных крестиков, сбор богослужебных сосудов для нуждающихся православных приходов на освобожденных восточных территориях.»