Несмотря на негативное отношение к себе немецких властей, митрополит Серафим много раз спасал русских эмигрантов, священников и мирян от гестапо Приходилось ему защищать и архимандрита Иоанна (Шаховского), которого гестапо еще в 1930-е гг. дважды пыталось выслать из Германии. О. Иоанн никогда не скрывал своего отрицательного отношения к антисемитизму нацистов В годы войны он обращался к немецким лютеранским и католическим епископам с просьбой помочь в прекращении уничтожения советских военнопленных и истребления православных сербов в Хорватии. Был он связан и с германским церковным сопротивлением, участвуя в проведении тайных экуменических христианских собраний на квартире берлинского пастора Унгнада. Среди членов этого кружка были мученики за веру, например казненный о И Метигер В августе 1945 г. в своей парижской лекции о. Иоанн отмечал: «Я знал немало верующих христиан и пастырей-немцев, которые не сомневались, что военная победа национал-социализма приведет к ничем уже не удерживаемому и в Германии гонению на Христову веру Эти люди искренне желали поражения своей стране» В январе 1943 г гестапо произвело обыск в квартире архимандрита, изъяв личные бумаги. Его книжный склад религиозной литературы также был опечатан и реквизирован Самого о Иоанна, вызванного из-под Дрездена, допрашивали в течение семи часов, взяли подписку о невыезде из Берлина и запретили посылать кому-либо религиозную литературу.
Эти запреты архимандрит Иоанн постоянно нарушал В своих воспоминаниях он подчеркивал: «От первого и до последнего года существования национал-социалистической Германии я был в ней представителем свободного апостольского Православия, не зависимого ни на йоту ни от государства, ни от какихнибудь общественных или иных человеческих организаций или идей. Библейская и святоотеческая вера наша исключала для нас возможность благословения каких-либо языческих движений, пытавшихся лишь использовать Церковь для своей цели Мы указывали на нехристианский характер их идеологии. Тысячи людей, живших тогда в Берлине, ныне рассеявшиеся по всему миру, были свидетелями и участниками этой борьбы, начавшейся в тридцатые годы в Германии. Это была борьба за сущность Христовой веры».
Два мирянина православной Германской епархии непосредственно участвовали в антифашистском сопротивлении и были казнены Лиана Берковец принадлежала к берлинской группе Риттмейстера («Красная капелла»), а Александр Шморель – к мюнхенской «Белой розе».
Среди мучеников Германской епархии РПЦЗ была и группа чешских православных священников и мирян. В крипте собора святых Кирилла и Мефодия в Праге с 30 мая по 17 июня 1942 г скрывались заброшенные из Англии чехословацкие парашютисты, которые 27 мая смертельно ранили одного из высших чиновников III Рейха Гейдриха. 18 июня к православному собору прибыли гестаповцы, около двух часов продолжался неравный бой, в котором парашютисты погибли Вскоре гестаповцы обрушили террор на Православную Церковь Священников, укрывавших парашютистов, и самого владыку Горазда арестовали и вскоре расстреляли Декретом от 26 сентября 1942 г часть церкви в протекторате, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее имущество конфисковано, а священнослужители и многие рядовые верующие отправлены на принудительные работы. В 1962 г. владыка Горазд был причислен к лику святых в Сербской Церкви, а в 1987 г. – в Чехословацкой Православной Церкви.