Митрополит Серафим старался смягчить удары, обрушившиеся на чешское духовенство его епархии Во многих его проповедях и посланиях военных лет содержатся призывы к прекращению человеконенавистнических отношений, кровопролития и мировой войны Репрессии, подобные тем, что были в протекторате, на православных священников в Германии не обрушились, и в этом заключалась немалая заслуга митрополита, умевшего нейтрализовать враждебные акции нацистских ведомств Тем не менее руководство НСДАП систематически наносило Церкви ощутимые удары В частности, именно эта инстанция запретила открытие богословского института, не дала своего согласия на отпуск свечей для православных храмов В марте 1942 г гестапо своим запрещением сорвало подготовленное богослужение в Нюрнберге настоятеля мюнхенского прихода игумена Александра (Ловчего) В качестве одного из примеров ограничений можно привести ситуацию со священниками – беженцами из СССР Многие из них обращались с просьбами разрешить совершать богослужения в храмах епархии РПЦЗ Митрополит охотно позволял это и лишь просил таких священников подавать письменные прошения с краткой биографией и копиями документов, удостоверяющих каноничность рукоположения в священный сан Но 8 сентября 1944 г владыка был вынужден сообщить духовенству, что, согласно разъяснению РКМ, назначение беженцев сверх штата в храмы епархии может происходить исключительно с согласия германского правительства.
Совместная пастырская работа в трудных военных условиях весьма способствовала сглаживанию былых расхождений и преодолению противоречий Архимандрит Иоанн в своей книге отмечал: «Война смягчила атмосферу наших юрисдикционных расхождений Этому в значительной мере способствовали пастыри, прибывшие из России и Прибалтики... Огонь, падавший на нас, сжег солому юрисдикционных противоречий Митрополит Серафим также не обострял этих делений и делал что мог для их смягчения».
Число православных приходов на территории Германии росло удивительно быстро В конце 1941 г их насчитывалось пятнадцать, а затем за три года общее количество приходов и мест, где постоянно совершались богослужения, увеличилось более чем в пять раз Иногда, в редких случаях, местные власти даже передавали епархии церковные здания. Так, 20 июня 1941 г правительственный президент Потсдама заключил договор с митрополитом Серафимом о предоставлении ему для пользования здания много лет не действовавшей старинной русской церкви св Александра Невского в колонии Александровка 14 августа 1941 г состоялся официальный акт передачи храма приходу в Берлине В дальнейшем была образована церковная община и назначен постоянный священник – православный немец Павел Гекк Другой подобный случай произошел в Вене, где рейхсштаттдгальтер после многочисленных просьб передал православной общине здание бывшей русской посольской церкви Формальная передача храма состоялась 15 мая 1943 г, и уже 23 мая владыка Серафим освятил его В это же время, 24 марта 1943 г Баварское министерство просвещения и церковных дел отправило письмо с предложением «русскому священству в Мюнхене» взять на себя обслуживание греческой церкви в этом городе. Храм был закрыт в 1941 г. после нападения Германии на Грецию Церковь с согласия греческой колонии была в апреле передана русскому приходу, чтобы в ней совершались богослужения для всех православных жителей города.