В дальнейшем, когда появились межконтинентальные баллистические ракеты, Митрофан Иванович Неделин и Специальный штаб приступили к новым теоретическим исследованиям. Они в течение нескольких лет изыскивали возможности для сокращения сроков подготовки ракетно-ядерного оружия к пуску, налаживали службу несения постоянного боевого дежурства на ракетных комплексах, совершенствовали систему управления ракетными частями, укрепляли их организационную, научную и материально-техническую базу.
В результате напряженного труда было разработано и утверждено «Наставление» и ряд «Инструкций», которые всесторонне проверялись на проводимых учениях.
Маршал Неделин на разборах занятий и учений не раз подчеркивал, что без достаточной политической, оперативно-тактической, инженерной и специальной подготовки всех генералов и офицеров не может быть высокой боевой готовности подчиненных войск. Поэтому он строго контролировал командирские занятия в своем штабе, в артиллерийских и ракетных частях.
ЦК КПСС, Советское правительство, ответственные работники Министерства обороны, в особенности Маршалы Советского Союза Г.К.Жуков, А.М.Василевский, К.К.Рокоссовский и Л.А.Говоров, оказывали Митрофану Ивановичу постоянную помощь.
Леонид Александрович Говоров являлся настоящим энтузиастом ракетного оружия, он считал, что оно со временем должно занять одно из главенствующих мест в системе вооружения армии и флота.
Своеобразным отчетом о проделанной работе стали периодические показы новой ракетной техники руководителям Коммунистической партии и правительства. Их организовывал Митрофан Иванович Неделин. На этих показах обычно демонстрировались последние образцы ракет, боевых зарядов, агрегатов наземного оборудования.
В знак признания огромных заслуг перед Родиной заместителю министра обороны по вооружению Митрофану Ивановичу Неделину Указом Президиума Верховного Совета СССР 8 мая 1959 года было присвоено очередное воинское звание – Главный маршал артиллерии.
На одном из заседаний Главный Военный Совет под председательством министра обороны Р.Я.Малиновского заслушал специальный и обстоятельный доклад Неделина о ходе строительства стартовых позиций. Кроме того, Митрофан Иванович предложил перебазировать определенное количество ракетных войск в другие районы в интересах усиления оборонной мощи Советского государства и стран всего социалистического лагеря. Родион Яковлевич потребовал от него специальный план, который был вскоре составлен. В нем предусматривались места и сроки строительства стартовых позиций, военных городков для размещения личного состава, учебных и хозяйственных объектов, транспортные мероприятия по перевозке войск, порядок взаимодействия с командованием военных округов и другие организационные вопросы.