Созданию дублирующих предприятий по производству моторов Испано-Сюиза 12Y31 было уделено недостаточно внимания и единственный завод "Испано-Сюиза" оказался неспособен удовлетворить все требования. В попытке расширить "бутылочное горлышко" в конце 1938 г. разместили заказ у концерна "Авиа" в Чехословакии на несколько сот моторов 12Y31, изготовляемых пи лицензии. Однако, только 30 из них прибыли на сборочную линию SNCAO прежде, чем немецкая оккупация Чехословакии ликвидировала этот источник снабжения. Более того, в мае 1939 г. французское правительство запрашивало согласие правительства СССР на поставку 200 моторов М-100 – тоже изготавляемого по лицензии варианта двигателя 12Y, но получило отказ. Впоследствии заказы были размещены у швейцарского концерна Адольфа Зауе- ра, который начал выпуск по лицензии моторов 12Y31 на заводе в Арбоне для установки на MS.406H(D-3800), изготовлявшиеся в Эммене "Эйдгеноссишен флюгцойгверк" (EFW). Однако о результатах (если они были) контракта со швейцарцами ничего не известно.
Первые несколько серийных MS.406, изготовленных SNCAO, были переданы 1-й группе 7-й эскадры и 1-й группе 6-й эскадры, однако к 1 января 1939 г. в строю находилось всего 27 MS.405 и MS.406. Темпы выпуска на заводе в Нанте стали увеличиваться к весне 1939 г., достигнув в апреле 6 самолетов вдень. Однако, большая их часть не могла быть прямо поставлена истребительным групппам из-за нехватки различного оборудования. Тем не менее, GCII/6 (2-я группа 6-й эскадры) и GCII/7 начали переучивание в марте. За ними в апреле последовали GCI/2 и GCI/3, а в мае GCII/2 и GCIII/6. В этот же месяц на MS.406 была сформирована GCIII/7. Задержки с освоением самолета, испытывавшиеся отдельными частями, вызывались не истребителем самим по себе, обладавшим отличной маневренностью, приятными пилотажными характеристиками и не имевшим серьезных недостатков. Летчики, освоившие Блерио-8РА0.510 или Девуатин D.500 или D.510, не встречали серьезных проблем с переходом на более современную машину.
В свете эксплуатации в войсках последовательно был внесен ряд различных небольших изменений. Например, с января 1939 г. на всех серийных самолетах провели усиление шасси. Следующим летом в качестве стандартной стала устанавливаться противокапотаж- ная ферма. До марта 1939 г. на всех серийных MS.406 ставилась на моторе пушка Испано-Сюиза S9, но в этом месяце на заводе в Бужено выкатили первый самолет с более скорострельной пушкой HS404. Выпуск старой пушки прекратили с сентября, когда HS404 стала стандартной. На некоторых самолетах стояли выхлопные коллекторы "Бронзавиа". Осенью 1939 г. на всех самолетах, находившихся в эксплуатации, ввели примитивную бронезащиту пилота, хотя ее не ставили на заводе на новые машины. В результате поломок узлов хвостового оперения на MS.406, применявшихся летом 1939 г. в Северной Африке GCI/6 и GCI/7, эти узлы были усилены.