К 3 сентября 1939 г., когда Франция вступила в войну с Германией, MS406, задуманный пять лет назад и являвшийся основным истребителем французских ВВС, был на грани устарелости – так быстро шло за несколько лет, предшествовавших войне, развитие этой категории боевых самолетов. Хотя этот факт был очевиден для некоторых, но было совершенно неприемлемо, чтобы он стал широко известен. Поэтому неблагоприятная ситуация, с которой столкнулись летчики MS.406 в боях против Bf 109Е в первой фазе наступления немцев на западе через восемь месяцев, стал для них глубоким шоком.
К тому времени, когда в Европе начались боевые действия, выпуск MS.406 достиг 11 самолетов в день; 573 самолета состояли на вооружении ВВС. В состоянии боевой готовности находились 12 истребительных групп, каждая штатной численностью 26 самолетов, разделенных на две эскадрильи. Шесть групп (138 машин) направили на Эль- зас-Лоррэнский фронт. Три из них входили в 21-ю дивизию (групмент), две – в 22-ю и одна в 23-ю в зоне 1-й воздушной армии генерала Мошара. Позади фронта располагались одна группа MS.406 в Лионе и две группы в Бассе-Прованс, входившие в 3-ю воздушную армию.
Во время так называемой "странной войны" в боях потеряли всего 14 MS.406. Первая такая потеря произошла 21 сентября, когда самолет сержанта Батуа из GC1/3 сбил капитан В.Мельдерс, командир эскадрильи из группы 3/JG53. Разумеется, бои с истребителями "люфтваффе" были сильно ограничены условиями суровой зимы. Тем не менее, приобретенный в боевых условиях опыт действий на MS.406 позволил оценить степень отсталости истребителя по сравнению с противником – Bf 109Е. Эта неприятная правда была подтверждена результатами испытания французами Bf 109E-3 из II/JG54, попавшего в их руки 22 ноября после посадки в Верте, в 20 км в глубине французской территории. Несмотря на все это, некоторые группировки в министерстве авиации упорно отстаивали свою идею, что несомненно более высокая маневренность MS.406 компенсирует преимущества немецкого истребителя.
Хотя MS.406, со своей значительно меньшей нагрузкой на крыло, мог превзойти в маневре Bf 109, французский истребитель недобирал мощности, поскольку в бой он вступил практически с тем же самым 860-сильным мотором рабочим объемом 36 л, с которым четыре года назад вылетел его опытный образец. Его больными местами оказались так же вооружение и механизм изменения шага винта Шавьер 351М, которыми были оснащены две трети всех серийных MS.406. Они управлялись пневматикой, а никаких устройств для осушения сжатого воздуха не предусматривалось. Конденсация и образование льда намертво заклинивали как крыльевые пулеметы MAC 1934, так и механизмы изменения шага винта. Смонтированная на двигателе пушка HS404 являлась очень эффективным оружием со значительной разрушающей мощью, но ее полезность ограничивалась тем, что весь ее боезапас состоял из барабана с 60 снарядами. "Мануфактюр д'Арм де Шательро" работала над устройством ленточного питания, но было уже поздно.