За время 15-летнего понтификата Павла VI им было издано всего девять энциклик. Он выступал редко, но весомо. Павел VI выступал против крайне модернистских направлений, но также и против ультраконсервативных устремлений. В папе сильно было уважение к человеческой личности и к ее свободе (свободе мнений). Поэтому он никогда не выступал против конкретных личностей; он осуждал только взгляды, не прибегая к отлучению и анафеме; он лишь раздавал отеческие советы. Такое поведение также сыграло свою роль в обострении дискуссии, протекавшей в голландской церкви, или, например, в «мятеже» французского епископа Лефевра. Модус вивенди Павла VI была противна воинствующая нетерпимость. Он был человеком дипломатии и уравновешенности, а следовательно, не принимал фанатичность.
Однако Павел VI консервативными решениями закрыл вопросы, переданные собором в компетенцию папы: о безбрачии священнослужителей, о смешанных браках и о разводах, а также о регулировании рождаемости. Во второй своей энциклике, от 3 сентября 1965 года («Mysterium fidei»), он подчеркнул, что ничто не побудит церковь хоть как-то отойти от существовавших до сего времени догматов или подвергнуть ревизии принципы веры. Так, в изданной затем 24 июня 1967 года энциклике («Sacerdotalis coelibatus»), посвященной безбрачию священнослужителей, он подтвердил эту многократно оспариваемую традицию. Приверженность сложившемуся в эпоху феодализма целибату вызвала сопротивление в среде духовенства. Особенно открыто выступили против мнения папы епископы Голландии. Целибат противен человеческой природе и скорее может быть источником безнравственности, чем укрепляющим мораль фактором, — таково было одно из мнений. По мнению же папы, целомудрие и безбрачие священнослужителей позволяют мужчине посвятить всю свою жизнь церкви. Женатые, семейные священнослужители больше привязаны к обществу, к проблемам существования.
Ту же самую консервативную линию продолжила энциклика от 25 июня 1968 года («Humanae vitae») о христианском браке и регулировании рождаемости. Несомненно, это была наиболее осуждаемая акция Павла VI. Папа вновь подчеркивал, что в этой области не считает необходимым или возможным какие бы то ни было изменения в существующем учении церкви. Энциклика снова подтверждала нерасторжимость брака (как святыни) — тем самым папа вступил в противоречие с реальной жизнью. Он не только отверг, но и морально запретил христианам регулирование рождаемости (искусственное предупреждение и прерывание беременности), поскольку это априори ведет к уничтожению зарождающейся жизни. Этим папа опять-таки показал, что он оставляет без внимания реальности сегодняшней жизни. Дух энциклики «Humanae vitae» противоречил духу аджорнаменто, что повлекло за собой возникновение серьезной оппозиции в церкви, главным образом в католических кругах развитых стран. В Голландии, Бельгии и ФРГ значительная часть священнослужителей открыто критиковала позицию папы.