Все это вынудило власти усилить борьбу с преступностью В конце октября — начале ноября была проведена широкомасштабная операция по чистке банковских структур, в результате которой было арестовано 30 работников таджикских коммерческих банков и коррумпированных чиновников государственных финансовых ведомств В ходе кампании по борьбе с преступностью была проведена чистка внутри МВД, в результате чего было арестовано свыше 20 сотрудников милиции, десятки уволены. По сообщению шефа МВД С. Мухурова, во втором полугодии было обезврежено несколько бандформирований. Среди последних называлась банда одного из бывших командиров «Народного фронта», депутата таджикского парламента X. Каримова, арестованного в начале ноября. Во время обыска в доме последнего были изъяты 10 автомашин (в том числе 5 новых «КамАЗов»), огромное количество автоматического, противотанкового и другого оружия и боеприпасов к нему, а также 300 млн российских рублей и 800 тыс. долларов.
В крайне плачевном состоянии находилась таджикская экономика. Ситуация осложнялась действиями Узбекистана, который 28 июля прекратил подачу газа в южные районы, мотивируя это задержкой выплат таджикистанского долга, достигшего 146 млн долларов. В результате оказался парализован ряд крупных предприятий, в том числе Яванский химический и Вахшский азотно-туковый заводы.
В южных горных районах фактически начался голод. Экономическая ситуация усугублялась катастрофической эпидемиологической обстановкой, развитием дифтерии, в результате которой тысячи людей заболели и сотни умерли.
В середине июля Э. Рахмонов и лидер объединенной оппозиции С.А. Нури встретились в Тегеране. В ходе бесед обсуждались проблемы включения оппозиции в конституционный процесс, прекращения вооруженного противостояния и возвращения беженцев из Афганистана. Уделялось большое внимание и роли войск СНГ, которые охраняют таджикско-афганскую границу. В результате переговоров 17 августа был подписан протокол «Об основных принципах установления мира и национального согласия в Таджикистане».
30 ноября после более чем двухмесячных проволочек в Ашхабаде состоялось открытие очередного раунда межтаджикских переговоров. В процессе последовавших консультаций оппозиция предложила направить в Тавильдару специальную комиссию, однако глава правительственной делегации Таджикистана М. Убай-дуллоев заявил, что никаких военных операций власти не проводят, что «в Таджикистане вообще нет никакой войны» Одновременно правительство активизировало боевые действия, в том числе в районе Куляба и Шуроабада с целью достижения военного преимущества и получения возможности давления на делегацию объединенной таджикской оппозиции.