Когда 4-я авиагруппа перевооружалась со «Спит-файров V» на «Тандерболты», Дон не испытал особой радости. После первого полета на новом истребителе он сказал «Джонни» Джонсону, что, по его мнению, «Тандерболт» слишком неохотно покидает землю и еще более неохотно на нее возвращается. Тем не менее, Блейксли сбил на «Джаггернауте» три FW.190, но и сам был подбит дважды. Удача улыбнулась ему 12 августа 1943 года, когда пилоты 4-й истребительной группы сбили 18 немецких истребителей, потеряв только один «Тандерболт». И хотя самому Блейксли не удалось в этом бою уничтожить ни одного самолета противника, успех подразделения в значительной мере был достигнут в результате его мастерского и умелого руководства.
После прибытия в Европу 354-й истребительной группы ВВС США Дон Блейксли был откомандирован в эту часть, чтобы ввести вновь прибывших в курс дела и ознакомить их с боевой обстановкой на фронте. Здесь ему впервые довелось полетать на истребителе Р-51В «Мустанг». Это произвело на него впечатление, и когда он снова в январе 1944 года принял командование над 4-й авиагруппой, то стал энергично настаивать на перевооружении вверенного ему подразделения «Мустангами». На вопрос, сколько времени потребуется летчикам на освоение новой техники, Блейксли ответил, что поскольку большинство его пилотов уже летали на «Спитфайрах» в составе «Игл», то на все обучение нужно не более 24 часов. Самое удивительное, что это оказалось правдой.
6 марта 8-я воздушная армия США предприняла первый дневной массированный налет на Берлин. 4-я истребительная группа Блейксли оказалась ударным подразделением во главе истребителей сопровождения. В ходе полета подчиненные Дона сбили 15 самолетов противника ценой только четырех своих. В течение следующих трех месяцев, которые «Джонни» Джонсон назвал самыми тяжелыми за весь период боев в воздухе на Западном фронте, Блейксли отправил к земле семь немецких истребителей. 21 июня 1944 года 60 «Мустангов» под командованием Блейксли приняли участие в первой «челночной» операции с посадкой в СССР. Суть ее заключалась в следующем: истребители встречали свои бомбардировщики у польской границы, сопровождали их до Варшавы, а затем возвращались на аэродромы «подскока», размещенные на советской территории, проведя в воздухе в общей сложности не менее восьми часов.
Из Советского Союза 4-я авиагруппа была отправлена в Италию, где поддерживала в налетах бомбардировщики 15-й воздушной армии США. В ходе этих действий Дон Блейксли сбил над Будапештом Мессершмитт Bf.109G, и это была его последняя подтвержденная победа в воздухе. 5 июля авиагруппа вернулась домой. «Джонни» Джонсон считал Блейксли «наилучшим командиром среди тех, кто воевал против Германии». И совсем неважно, сколько самолетов этот человек сбил лично. Командование ценило его настолько высоко, что во время одного из налетов на Бремен ему доверили руководство всеми истребительными силами прикрытия. Для одного человека, да еще сидящего в кабине боевого истребителя, такая задача представлялась практически невыполнимой — ведь вся армада бомбардировщиков порой растягивалась в небе на сотни километров!