Однако в конце 1950-х годов советско-китайские отношения начали осложняться. Помимо чисто идеологических «внутрикоммунистических» противоречий возникли и военно-политические разногласия. Советский Союз обратился к КНР с просьбой предоставить ему территорию на о. Хайнань для размещения центра связи, предназначенного для обеспеченения действий советских подводных лодок в Тихом океане. Кроме того, СССР нуждался и в китайских базах для своего быстро растущего подводного флота. Но китайская сторона оттягивала принятие решения, связывая его с оказанием СССР прямой военной помощи КНР в планировавшемся вторжении на Тайвань. Советское руководство, не желавшее ввязываться в крупномасштабный вооруженый конфликт с Соединенными Штатами (союзником Тайваня), отказывалось от непосредственного участия в боевых действиях, ограничиваясь гарантиями политической и военно-технической поддержки. Переговоры, проведенные министром обороны СССР маршалом Советского Союза Р.Я.Малиновским с китайским руководством в Пекине в конце июля 1958 года, не привели к выработке обоюдоприемлемого соглашения. В результате КНР решила освобождать Тайвань, опираясь на собственые силы.
Китайско-советские разногласия еще более усилились в 1959 году, когда СССР попросил Китай передать для изучения новейшую американскую ракету класса «воздух-воздух» AIM-9 «Сайдуиндер», в достаточно исправном состоянии упавшую на территорию КНР после одного из воздушных боев между китайскими “МиГами» и тайваньскими «Сейбрами». Китайское руководство затягивало передачу ракеты до зимы 1959 года, когда в ответ на нелояльное поведение союзника Советский Союз приостановил передачу КНР технической документацию на ракету Р-12. В результате «Сайдуиндер» (который китайцы пытались изучить и скопировать самостоятельно) все же попал в СССР, однако трещину, возникшую в некогда безоблачной «Великой дружбе», склеить уже не удалось. Хотя Н.С.Хрущев и санкционировал передачу КНР документации по Р-12 «по полной программе», 20 июня 1959 года СССР в одностороннем порядке аннулировал соглашение о предоставлении Китаю документации по новейшим военно-техническим достижениям, в первую очередь, в ракетно-ядерной области. 16 июля 1960 года СССР объявил об отзыве из КНР всех своих военных советников. Вскоре разрыв советско- китайской «дружбы на век» перерос в прямую политическую и военную конфронтацию.
Принцип опоры на собственные силы применительно к ракетно-ядерному оружию “не работал», поэтому в начале 1960-х годов КНР приступила к активному «переманиванию мозгов» из- за рубежа, в первую очередь – из США. В этот период на родину вернулось более сотни крупных ученых китайской национальности. Велась активная скупка западных технологий. В КНР работали специалисты из ФРГ, Швейцарии и ряда других стран.